企业修改员工劳动关系是否合法，主要取决于修改的方式、过程以及修改内容是否符合法律法规。 以下是对此问题的详细分析：
合法的情况
协商一致修改：
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十五条，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容，且应当采用书面形式。变更后的劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份。
- 实例说明：如企业因业务发展需要调整员工岗位，经与员工充分沟通并达成一致后，签订书面劳动合同变更协议，此修改合法有效。这种情况下，企业修改员工劳动关系是基于双方的平等、自愿和协商一致，且符合法律法规的要求。
基于客观情况发生重大变化：
- 说明：当劳动合同订立时的客观情况发生重大变化，致使合同无法履行，且双方未能就变更内容达成协议时，用人单位可依法解除劳动合同。但若双方协商一致，仍可对劳动合同进行相应修改。
- 实例说明：如企业因城市规划需搬迁，对于不愿随迁的员工，经协商同意后调整其工作岗位或内容，并签订书面协议，此修改同样合法有效。这种情况下，企业修改员工劳动关系是出于客观情况的变化，且经过了双方的协商一致。
不合法的情况
未经协商单方修改：
- 法律依据：劳动合同是双方当事人在平等自愿、协商一致的基础上订立的，任何一方不得单方面随意变更合同内容。
- 实例说明：如企业未经员工同意私自调整工资结构，降低基本工资占比，此行为侵犯了员工的合法权益，属于不合法修改。这种情况下，企业修改员工劳动关系是单方面的，没有经过员工的同意，因此是不合法的。
修改内容违反法律法规：
- 法律依据：劳动合同修改内容必须遵守法律、行政法规的强制性规定，否则修改无效。
- 实例说明：如企业在劳动合同中添加违反《工伤保险条例》或《女职工劳动保护特别规定》的条款，如规定工伤事故企业概不负责或女职工怀孕期间不得享受带薪假期等，这些条款均不具有法律效力，属于不合法修改。这种情况下，企业修改员工劳动关系的内容违反了法律法规的强制性规定，因此是不合法的。
法律后果与应对策略
- 法律后果：若企业未经劳动者同意擅自修改劳动合同，劳动者有权拒绝此类不合理变更，并可通过与企业协商、向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁乃至提起诉讼等方式维护自身权益。企业可能面临劳动合同部分或全部无效、承担赔偿责任以及劳动者解除劳动合同并获得经济补偿等法律后果。
- 应对策略：面对企业修改劳动关系的情况，劳动者应首先尝试与企业进行协商沟通，要求按照原劳动合同履行义务。若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉举报企业的违法行为，并要求其责令改正。如问题仍未解决，劳动者可向劳动仲裁机构申请仲裁，要求恢复原劳动关系并赔偿因强制变更导致的损失。对仲裁结果不服的，还可依法向人民法院提起诉讼。
总结：企业修改员工劳动关系的合法性取决于多个因素，包括是否经过双方协商一致、是否采用书面形式确认、以及修改内容是否符合法律法规。劳动者在面对企业提出的劳动关系修改时，应仔细审查修改内容，确保自身权益不受侵害。若企业存在不合法修改行为，劳动者有权拒绝，并可依法维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。