结论：在工伤认定后公司不认可停岗留薪期限的情况下，您既可以选择等待劳动能力鉴定确认期限，也可以直接申请劳动仲裁，具体取决于您的实际情况和需求。以下是对这两种选择的详细分析：
一、等待劳动能力鉴定确认期限
法律依据：
- 根据《工伤保险条例》的相关规定，停工留薪期一般不超过12个月，伤情严重或者情况特殊，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长不得超过12个月。这意味着，劳动能力鉴定委员会在确认停工留薪期方面具有权威性。
操作流程：
- 如果您选择等待劳动能力鉴定，首先需要向设区的市级劳动能力鉴定委员会提出申请，提交相关医疗资料和工伤认定决定书等文件。
- 鉴定委员会将根据您的伤情和医疗情况，确定您的停工留薪期。
优点与风险：
- 优点：通过劳动能力鉴定确认的停工留薪期具有权威性，公司一般难以反驳。
- 风险：鉴定过程可能需要一定时间，且如果鉴定结果与公司预期不符，公司可能仍会提出异议或拒绝支付相关待遇。
二、直接申请劳动仲裁
法律依据：
- 根据《劳动争议调解仲裁法》的相关规定，因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议，劳动者可以与用人单位协商，也可以请工会或者第三方共同与用人单位协商，达成和解协议。不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
操作流程：
- 如果您选择直接申请劳动仲裁，需要准备相关证据材料，如工伤认定决定书、医疗证明、工资单等，以证明您的停工留薪期和应享受的待遇。
- 向当地劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请，并按照仲裁委员会的要求参加仲裁程序。
优点与风险：
- 优点：劳动仲裁程序相对较快，且如果仲裁裁决对您有利，公司必须履行裁决结果，否则您可以向法院申请强制执行。
- 风险：仲裁结果可能受到多种因素的影响，如证据充分性、仲裁员的主观判断等，因此存在一定的不确定性。
三、综合建议
- 如果您的伤情较为明确，且医疗期较短，您可以考虑直接申请劳动仲裁，以尽快解决争议并获得应得的待遇。
- 如果您的伤情较为复杂，或者医疗期较长，您可以选择等待劳动能力鉴定确认期限，以确保您的停工留薪期得到权威确认。
- 无论选择哪种方式，您都应保留好相关证据材料，如工伤认定决定书、医疗证明、工资单等，以便在争议解决过程中证明您的权益。
在处理此类劳动工伤问题时，如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我将根据您的具体情况，为您提供专业、全面的法律建议。