结论：老板以您申请三天辞职未回复为由主张旷工并要求赔偿，这一做法是否合法，需根据具体情况判断。若您已按照公司规定或合理方式提前通知辞职，且公司未明确回复不影响离职流程，则老板的主张不合法；反之，若您未遵循规定流程或公司有明确规定需书面批准，则可能面临一定法律风险。以下从不同角度详细分析：
一、辞职通知的合法性与效力
辞职通知的法定要求：
- 根据《劳动合同法》第三十七条，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。在试用期内，劳动者提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。
- 这意味着，劳动者在非试用期提出辞职，只需提前三十日以书面形式通知即可，无需用人单位批准；在试用期内，则需提前三日通知。
辞职通知的送达与确认：
- 您提到“申请三天辞职”，若您处于试用期，且已以合理方式（如书面、电子邮件、短信等）通知了老板，即使老板未回复，也不影响您离职的合法性。
- 若您非试用期，则需提前三十日通知。若您仅提前三日通知且非试用期，则可能构成未提前通知的违约行为，但老板以此主张旷工并要求赔偿仍需进一步分析。
二、旷工的认定与法律后果
旷工的认定：
- 旷工通常指劳动者无正当理由未到岗工作。若您已按照规定提前通知辞职，且离职日期已到，则您未到岗不属于旷工。
- 若您未提前通知或通知方式不符合公司规定，且公司因此拒绝您离职并要求您继续工作，而您未到岗，则可能构成旷工。
旷工的法律后果：
- 根据公司规章制度，旷工可能面临警告、罚款、解除劳动合同等处罚。但老板以此为由要求您赔偿，需证明其因您旷工遭受了实际损失，且该损失与您旷工有直接因果关系。
- 在实践中，老板仅凭旷工主张赔偿往往难以得到法律支持，除非能证明您旷工导致了公司重大经济损失或业务中断等严重后果。
三、老板主张赔偿的合法性分析
若您已合法通知辞职：
- 老板以您申请三天辞职未回复为由主张旷工并要求赔偿，缺乏法律依据。您有权按照通知的离职日期离职，老板无权因此要求您赔偿。
若您未合法通知辞职：
- 若您未提前通知或通知方式不符合规定，老板可能以您旷工为由进行处罚或解除劳动合同。但要求赔偿仍需证明实际损失和因果关系。
- 在此情况下，建议您与老板协商解决，或寻求劳动仲裁机构的帮助，以明确双方的权利义务。
四、建议与措施
保留证据：
- 无论您是否已合法通知辞职，都应保留好相关证据，如辞职通知、送达证明、公司规章制度等，以备不时之需。
与老板沟通：
- 尝试与老板进行友好沟通，解释您的离职原因和通知情况，争取达成共识。
寻求法律帮助：
- 若老板坚持主张赔偿且您认为其主张不合法，可以向当地劳动仲裁机构申请仲裁，或直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。
总之，老板以您申请三天辞职未回复为由主张旷工并要求赔偿，其合法性需根据您是否已合法通知辞职、公司规章制度以及实际损失等因素综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。