当发包人知道挂靠合同无效时，这确实是一个需要谨慎处理的问题，因为挂靠行为本身在法律上是不被认可的，且可能引发一系列法律后果。为了有效应对这种情况，承包人可以从以下几个方面进行综合施策：
一、确认自身资质与合规性
资质审查与展示：
- 承包人必须确保自己拥有与承接工程相匹配的合法、有效资质证书，并在合同签订前向发包人充分展示这些资质，以证明自身具备承接工程的能力。
- 定期更新和维护资质，确保在合同履行过程中始终符合法律法规要求，避免因资质过期或不符合要求而给发包人提供解除合同或主张无效的借口。
遵守资质管理规定：
- 承包人应严格遵守资质管理规定，不得出借、转让资质证书，也不得超资质承接工程。
- 积极按规定进行资质年检、维护和升级，确保资质的持续有效性和合规性。
二、严格合同管理与履行
合同条款明确：
- 在合同中详细约定双方的权利义务，特别是关于工程质量、工期、价款以及可能涉及“挂靠”的争议处理条款。
- 明确承包人的资质情况、人员配备、项目管理方式等，并设定合理的质疑和证明程序，以便在发包人提出质疑时能够迅速提供有力证据。
严格遵守合同约定：
- 承包人应严格按照合同约定履行义务，包括工程质量、进度管理等，确保工程按照合同要求顺利推进。
- 避免任何违约行为，以免给发包人提供解除合同的机会。
三、规范项目管理与劳动关系
自主实施项目管理：
- 承包人要亲自组织和实施工程项目的全过程管理，确保项目顺利推进并达到预期目标。
- 建立完善的项目管理体系，包括质量控制、安全管理、进度监控等，以展示自身的管理能力和专业水平。
规范人员管理与劳动关系：
- 与参与工程项目的人员建立真实、合法的劳动关系，签订规范的劳动合同，并确保人员配备符合要求。
- 专业人员应具备相应执业资格证书并实际履职，以证明承包人具备独立完成工程的能力。
保持与发包人的良好沟通：
- 定期向发包人汇报项目进度和存在的问题，及时解决施工过程中出现的难题，增强发包人对承包人履约能力的信任。
四、强化财务管理与资金流向规范
独立财务核算：
- 建立独立的财务核算体系，对工程项目收支进行单独、清晰记录，确保财务数据的真实性和准确性。
- 严格区分项目资金与企业其他资金，避免资金混用或异常流转。
规范资金流转：
- 工程款支付应遵循正常财务流程，确保资金通过合法渠道流转，避免通过第三方转手或其他异常方式流转。
五、保留证据，应对可能纠纷
完善文件资料管理：
- 妥善保存与工程项目相关的各类文件资料，包括招投标文件、合同、施工图纸、施工日志等。
- 这些资料是证明承包人真实履行合同义务、不存在“挂靠”行为的重要证据。
及时收集和保留证据：
- 在合同履行过程中，注意收集和保留所有相关证据，如与发包人的沟通记录、项目进展报告、质量检测报告等。
- 这些证据在发生纠纷时将起到至关重要的作用。
六、寻求专业法律支持
咨询专业律师意见：
- 在合同签订前和履行过程中，咨询专业律师的意见，确保合同的合法性和有效性。
- 如遇发包人以“挂靠”为由解除合同或请求确认合同无效的情况，及时寻求法律援助，维护自身合法权益。
坚决杜绝挂靠行为：
- 承包人应坚决杜绝任何形式的挂靠行为，不借用也不出借资质，确保合法经营和诚信形象。
综上所述，当发包人知道挂靠合同无效时，承包人应从资质合规、合同管理、项目管理、财务管理、证据保留和法律支持等多个方面综合施策，以有效降低风险并保护自身合法权益。