公司以不能胜任工作为由辞退员工，在一定条件下是合法的，但也必须严格遵守相关法律法规的规定和程序。针对您提到的合同一年一签且最后一次签合同的情况，以下是对此问题的详细分析：
合法辞退的条件与程序
明确证据支持：
- 公司必须提供充分且明确的证据来证明员工确实不能胜任其本职工作。这些证据可以包括员工的工作表现记录、绩效评估报告、定期的业绩考核记录以及工作失误造成的损失等客观数据。若公司无法提供足够证据，仅凭口头声称或模糊不清的标准判断，则辞退行为违法。
培训或调岗义务：
- 在确认员工不能胜任工作后，公司需为员工提供针对性的岗位培训，以帮助其提升工作能力，或者将其调整至更适合的岗位。培训内容应与员工的工作短板紧密相关，调岗也需合理且不得带有惩罚性质。若未经培训或调岗直接辞退员工，属于违法解除劳动合同。
再次考核与确认：
- 经过培训或调岗后，公司需对员工进行再次考核，以确认其是否仍不能胜任工作。若员工再次被证明不能胜任，则公司可依据相关规定进行辞退。
履行法定程序：
- 公司需提前通知工会（如有）并说明辞退原因及依据，听取工会意见。
- 按照法律规定的时间和方式，提前三十日以书面形式通知员工本人，或额外支付一个月工资作为代通知金。
- 依法向员工支付经济补偿金，根据员工在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准。对于您提到的合同一年一签的情况，经济补偿金的计算将基于员工在公司工作的实际年限。
违法辞退的情形及后果
- 若公司违反上述任何一条规定，均构成违法辞退。违法辞退的后果包括但不限于：公司需支付赔偿金（通常是经济补偿金的两倍），并可能面临劳动行政部门的处罚。
员工权益保护
- 若您认为公司以不能胜任工作为由的辞退行为违法，可与公司协商解决。
- 协商不成时，您可向劳动争议仲裁机构申请仲裁，对仲裁结果不满意还可向法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
针对您合同情况的特别说明
- 合同一年一签并不影响公司以不能胜任工作为由辞退员工的合法性判断。关键在于公司是否遵循了上述合法辞退的条件与程序。
- 若公司未遵循相关程序或无法提供充分证据，您有权拒绝被辞退，并可通过法律途径维护自己的权益。
综上所述，公司以不能胜任工作为由辞退员工，在符合合法条件与程序时是合法的。但公司必须严格遵守相关法律法规，确保辞退行为的合法性。同时，您也应了解自己的权益，并在必要时采取法律手段维护自身利益。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。