关于工厂抽烟被罚款5000是否合法的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要综合考虑多个法律维度和实际情境来进行分析。
首先，从法律层面来看：
工厂无直接行政处罚权：
- 根据《中华人民共和国行政处罚法》，行政处罚只能由具有行政处罚权的行政机关实施。工厂作为非行政机关，并不具备直接的行政处罚权。因此，从严格的法律意义上讲，工厂直接对员工处以罚款（作为行政处罚）是不合法的。
规章制度与劳动合同的约束：
- 工厂可以通过制定合法有效的规章制度，并事先告知员工，来规范员工的行为。如果规章制度中明确规定了在特定区域（如易燃易爆生产车间）禁止抽烟，并规定了相应的处理措施（如扣除绩效奖金、警告等），且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么工厂可以依据这些规定对违规员工进行处理。
- 但需要注意的是，这种处理措施应基于双方约定和管理需要，且应合理、适度。直接罚款5000元可能被视为过重、不合理的处罚，除非规章制度中明确规定了如此高额的罚款，并且该规章制度已经过合法程序制定、内容合法，且员工已知晓并同意。
其次，从实际操作和合理性角度来看：
罚款金额的合理性：
- 罚款金额应当与违规行为的性质和可能造成的影响相称。对于抽烟行为，除非它直接导致了严重的安全事故或损失，否则罚款5000元可能显得过高、不合理。
工厂的安全管理责任：
- 工厂有责任提供安全健康的工作环境，并采取必要措施保护员工免受危害。这包括制定并执行关于抽烟等可能危及工作环境安全的规章制度。但工厂在执行这些规章制度时，应确保合法性和合理性，避免侵犯员工的合法权益。
综合以上分析：
- 如果工厂没有合法有效的规章制度支撑罚款行为，或者规章制度未经过合法程序制定、内容违法，或者罚款过重、不合理，或者未事先与员工约定，那么工厂对员工抽烟罚款5000元的行为很可能是不合法的。
- 相反，如果工厂有合法有效的规章制度，且该规章制度已经过合法程序制定、内容合法，员工已知晓并同意，且罚款金额合理、适度，那么工厂对员工抽烟进行罚款的行为可能是合法的（但通常这种合法性会局限于扣除绩效奖金等非直接罚款形式，直接罚款仍需谨慎）。
建议：
- 对于工厂而言，应制定合法、合理、透明的规章制度，明确禁止抽烟的区域和相应的处理措施，并确保这些规定不违反法律法规的强制性规定。同时，应加强安全教育，提高员工的安全意识。
- 对于员工而言，应了解并遵守工厂的规章制度。如果认为罚款行为不合法或不合理，有权向劳动部门投诉或寻求专业法律人士的帮助以维护自己的合法权益。
总之，工厂抽烟被罚款5000元的合法性并非一概而论，而是需要根据具体情况进行分析和判断。在处理此类问题时，应确保各项措施的合法性和合规性，以维护双方的合法权益。