针对您提出的“厂区抽烟罚款1000是否合法”的问题，这确实是一个涉及多个法律层面的复杂议题。以下是我为您提供的详细分析：
一、罚款行为的法律性质
首先，我们需要明确罚款行为的法律性质。罚款本质上是一种行政处罚权，根据《中华人民共和国行政处罚法》的规定，只有具有行政处罚权的行政机关才能在法定职权范围内实施罚款。工厂或公司并非行政机关，因此，它们本身并不具备法律赋予的行政处罚权。
二、规章制度的合法性与有效性
尽管工厂或公司不具备行政处罚权，但它们可以基于管理需要设定规章制度。然而，这些规章制度必须在法律允许的范围内，且不能侵犯员工的合法权益。具体来说：
制定程序：根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，用人单位在制定、修改或决定直接涉及劳动者切身利益的规章制度时，应当经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。
公示或告知：规章制度还需向员工进行公示或告知，确保员工知晓并同意。未经公示或告知的规章制度对员工不产生约束力。
三、罚款金额的合理性
即使工厂或公司的规章制度经过了合法的制定和公示程序，罚款金额也必须合理且适当。1000元的罚款如果明显过高，超出了合理范畴，那么该规定可能因显失公平而不具有合法性。罚款金额应与员工的过错程度及企业的实际损失相适应。
四、员工权益保护
如果工厂或公司对抽烟员工进行了不合法的罚款，员工有权采取以下措施来维护自己的合法权益：
沟通与协商：员工应先与工厂或公司相关负责人进行沟通，了解罚款的具体依据，并表达自己对罚款金额的看法，尝试通过协商解决争议。
寻求帮助：如协商无果，员工可以向工厂或公司的工会寻求帮助，由工会进行调解或提供法律援助。
法律途径：若调解不成，员工可以向劳动监察部门投诉，由其对工厂或公司的罚款行为进行审查和处理。员工也可以收集相关证据（如规章制度文本、罚款通知、工资条等），通过劳动仲裁或诉讼的方式来维护自己的合法权益。
五、综合判断
综上所述，厂区抽烟罚款1000元是否合法，关键在于工厂的规章制度是否满足以下条件：经过民主程序制定、向员工公示或告知、罚款金额合理且不显失公平、不侵犯员工的合法权益。只有当这些条件都满足时，罚款规定才可能具备合法性。否则，员工有权提出异议并寻求法律保护。
因此，我建议您先了解工厂的规章制度是否合法有效，并评估罚款金额的合理性。如果您认为罚款行为不合法或不合理，可以通过沟通、投诉或法律途径来维护自己的权益。