公司发放工资时抹去零头是否合法，需视具体情况而定。以下从不同角度进行分析：
一、劳动合同有明确约定的情况
- 若劳动合同中明确规定了工资的具体金额，且无相关条款许可去除零头：
- 公司抹去零头的行为涉嫌违法。因为这违反了劳动合同的约定，损害了劳动者获取全额报酬的权益。
- 劳动者有权要求公司全额支付约定报酬，并可以向劳动监管机构投诉或采取劳动仲裁等手段维护自身合法权益。
二、劳动合同无明确约定或公司有合理解释的情况
- 若劳动合同中未明确规定工资的具体金额，或公司能够提供合理的解释：
- 如公司征得劳动者同意，或依照合法有效的公司薪酬制度进行抹零，且该制度在员工入职时已明确告知，则可能不被视为违法。
- 但这种情况下，公司仍需确保抹零行为不损害劳动者的基本权益，且应遵循公平、合理的原则。
三、抹零行为的频率和金额
若抹零行为属偶发且金额不大：
- 可能不被视为严重违法。但劳动者仍应关注自身权益，确保公司不会频繁或无故抹零。
若抹零行为持续时间长、频率高且涉及大额资金：
- 则有可能触犯劳动法律法规。劳动者应积极维护自身权益，通过合法途径要求公司全额支付工资。
四、法律建议
- 劳动者应仔细阅读劳动合同：确保了解工资的具体金额和支付方式。若发现公司有抹零行为，且违反了劳动合同的约定，应及时与公司沟通并要求全额支付工资。
- 若沟通无果：劳动者可以向劳动监管机构投诉或采取劳动仲裁等手段维护自身合法权益。在投诉或仲裁过程中，劳动者应提供相关证据，如工资条、劳动合同等，以证明公司的违法行为。
- 公司应遵守法律法规：确保工资支付行为的合法性和合理性。若需对工资进行抹零处理，应事先与劳动者沟通并征得其同意，同时确保抹零行为不损害劳动者的基本权益。
总结来看，公司发放工资时抹去零头是否合法，需根据劳动合同的约定、公司的解释以及抹零行为的频率和金额等因素进行综合判断。劳动者应关注自身权益，确保公司不会无故或频繁抹零。若发现公司有违法行为，应及时通过合法途径维护自身权益。