结论前置：对方因你开具的发票点数不符合其要求而扣除你五个点的款项，这一行为的合法性需根据具体情况分析，特别是合同中关于发票点数的约定以及相关法律法规的规定。

详细分析：

1. 合同约定：

   • 有明确约定：如果合同中明确约定了你应开具三个点的发票，而你实际只开具了一个点的发票，那么对方有权基于合同约定要求你承担违约责任，包括扣除款项等。但扣除的款项数额（五个点）是否合理，还需根据合同中的违约条款以及实际损失情况来判断。
   • 无明确约定：如果合同中没有明确约定发票的点数，那么对方单方面扣除你五个点的款项可能缺乏合同依据。此时，你可以主张对方的行为构成不当扣款，要求对方返还或协商处理。

2. 法律法规：

   • 根据相关税法规定，发票的开具应遵循税法规定的税率和开票规则。如果合同约定的发票点数违反了税法规定，那么该约定可能无效。在此情况下，你应依据税法规定开具发票，并有权拒绝对方的不合理要求。
   • 如果对方以你开具的发票不符合税法规定为由扣除款项，但其扣除的款项数额（五个点）超出了其因你违约而遭受的实际损失，那么你可以主张对方的行为构成不当得利，要求对方返还多扣的款项。

3. 建议：

   • 首先，检查合同中关于发票点数的约定，以及是否有关于违约扣款的相关条款。
   • 其次，了解相关法律法规对发票开具的规定，确保你的开票行为符合税法要求。
   • 如果对方扣除款项的行为缺乏合同或法律依据，你可以与对方协商解决；协商不成时，可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益。

综上所述，对方扣除你五个点的款项是否合法需根据具体情况分析。建议你先检查合同约定和法律法规，再与对方进行协商或采取法律措施。如有需要，你可以直接向我咨询具体的法律问题。