结论是：在一审法院确认了劳动关系，但对方不服上诉的情况下，您仍然可以进行工伤认定。以下是详细的分析和建议：
一、法律背景与依据
劳动关系确认的效力：
- 一审法院已经确认了您与用人单位之间的劳动关系，这是工伤认定的重要前提。即使对方不服并提起上诉，这一确认在上诉期间仍然具有法律效力，除非被上级法院撤销或改判。
工伤认定的独立性：
- 工伤认定是一个独立的行政程序，其目的在于确定职工是否因工作原因受到事故伤害或患职业病。这一程序并不完全依赖于劳动关系的诉讼结果，而是基于事实证据和法律规定进行判断。
二、实际操作建议
及时申请工伤认定：
- 尽管对方正在上诉，但您不应因此延误工伤认定的申请。根据《工伤保险条例》的相关规定，您应在事故伤害发生之日或被诊断、鉴定为职业病之日起一定期限内（通常为30日内，但具体期限可能因地区而异）向社会保险行政部门提出工伤认定申请。
准备相关证据：
- 在申请工伤认定时，您需要准备充分的证据来证明事故伤害或职业病的发生与工作有关。这包括但不限于医疗证明、工作记录、证人证言等。
关注上诉进展：
- 虽然工伤认定可以独立进行，但您仍应关注对方上诉的进展。如果上诉结果影响了劳动关系的确认（如被撤销或改判），这可能会对工伤认定产生一定影响。但在此之前，您应继续推进工伤认定程序。
三、可能的法律后果与应对
上诉结果对工伤认定的影响：
- 如果上诉法院维持了一审法院的劳动关系确认判决，那么工伤认定将不受影响。
- 如果上诉法院撤销或改判了一审法院的劳动关系确认判决，那么您可能需要重新考虑工伤认定的申请或寻求其他法律救济途径。
应对策略：
- 在上诉期间，您可以继续收集证据、准备材料，以应对可能出现的各种情况。
- 如果上诉结果对工伤认定产生不利影响，您可以考虑通过行政复议或行政诉讼等途径来维护自己的合法权益。
四、特别提醒
- 及时咨询与沟通：在整个过程中，建议您及时与当地的社会保险行政部门或专业律师进行沟通，以确保您的权益得到充分保障。
- 保持冷静与理性：面对法律纠纷，保持冷静和理性至关重要。不要因情绪激动而做出可能损害自己权益的行为。
如果您在此过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据您的具体情况，提供更为详细和专业的法律建议。