结论：教师编绩效被打称职二并扣1000块是否合法，需结合具体情况判断，包括单位规章制度是否合法、绩效考核程序是否公正、扣款是否符合规定等。以下从不同角度进行分析：
一、单位规章制度合法性角度
规章制度需合法制定：根据《劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。如果单位未按照此程序制定绩效考核及扣款制度，那么该制度可能因程序违法而无效。
规章制度内容需合法：规章制度的内容不得违反法律、法规的规定。例如，如果单位规章制度中规定的扣款标准过高，超出了法律允许的范围，或者扣款理由不充分、不合理，那么该规章制度内容可能违法。
二、绩效考核程序公正性角度
绩效考核需公正透明：绩效考核应当公正、透明，确保每位员工都能了解考核标准、考核过程和考核结果。如果单位在绩效考核过程中存在不公正、不透明的情况，如考核标准不明确、考核过程不公开、考核结果不公正等，那么员工有权对考核结果提出异议。
员工有权申诉：如果员工对绩效考核结果有异议，单位应当提供申诉渠道，允许员工进行申诉。如果单位未提供申诉渠道或者未对员工的申诉进行合理处理，那么员工可以通过法律途径维护自己的权益。
三、扣款合法性角度
扣款需符合规定：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。如果单位扣款超过了这个标准，或者扣款理由与劳动合同约定不符，那么扣款可能违法。
扣款需有明确依据：单位在扣款时，需要有明确的依据，如劳动合同、规章制度等。如果单位无法提供明确的扣款依据，或者扣款依据不合法、不合理，那么员工有权拒绝扣款。
四、具体建议
核实单位规章制度：首先，您需要核实单位的绩效考核及扣款制度是否合法制定，内容是否合法。如果制度存在问题，您可以向单位提出异议，要求单位进行修改。
了解绩效考核过程：其次，您需要了解绩效考核的具体过程，包括考核标准、考核过程、考核结果等。如果考核过程存在不公正、不透明的情况，您可以向单位提出申诉，要求重新考核。
咨询专业律师：如果您对单位的绩效考核及扣款制度存在疑问，或者认为自己的权益受到了侵害，建议您咨询专业律师，了解自己的法律权益和维权途径。
总结来说，教师编绩效被打称职二并扣1000块是否合法，需结合单位规章制度合法性、绩效考核程序公正性、扣款合法性等多个角度进行判断。如果您对此存在疑问或认为自己的权益受到了侵害，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。