学校扣除教师绩效工资是否合法，需根据具体情况来判断。以下是从不同角度进行的详细分析：
一、合法扣除的情况
制度依据明确且合理：
- 若学校已依法制定并公示了关于绩效工资的规章制度，且这些制度经过了民主程序（如教职工代表大会讨论通过），并明确规定了绩效工资的考核标准、扣除情形等，那么学校按照这些规定扣除绩效工资是合法的。例如，教师因教学质量长期不达标或多次违反教学秩序等明确规定的情形被扣除绩效工资，此行为有明确的制度支撑。
绩效考核公正且透明：
- 绩效工资本身是基于员工的工作表现和完成的工作量或质量来确定的。如果学校在劳动合同中与教师明确约定了绩效工资的标准和合理的绩效考核制度，且考核过程公正、透明，那么在教师绩效不足的情况下，按照约定扣除绩效工资也是合法的。但学校应与教师进行充分沟通，明确绩效不足的原因和改进方向。
教师存在违规行为：
- 若教师违反了学校明确规定且合理合法的规章制度，如无故旷工、长期迟到早退等，影响了学校正常教学秩序或造成其他不良后果，学校也可按照既定制度扣减绩效工资。
二、违法扣除的情况
缺乏制度依据或未经公示：
- 若学校没有相关明确规定，或虽有规定但未经民主程序制定和公示，学校随意扣除教师绩效工资，则构成违法。因为此举侵犯了教师获取劳动报酬的权利，绩效工资作为工资的一部分，不能无依据地克扣。
滥用职权或偏见扣除：
- 即使有相关制度，但若学校或相关负责人出于个人恩怨、不合理的偏见等原因，故意违背制度规定扣除教师绩效工资，同样属于违法行为。例如，对同等教学表现的教师进行不公平的扣除，且无合理正当理由，即构成对教师权益的侵害。
违反法律法规：
- 如果扣除绩效工资的行为违反了当地关于工资支付的法律法规，如扣除后教师工资低于当地最低工资标准，也构成违法。根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。绩效工资作为工资的一部分，其支付也应遵循这一原则。
三、教师权益保护途径
- 沟通协商：教师对扣除绩效工资有异议时，首先应与学校进行沟通协商，要求学校说明扣发的理由并提供相关依据。
- 申诉调解：协商不成时，教师可以向本单位劳动争议调解委员会申请调解，或向当地教育行政部门反映情况，寻求行政调解或申诉处理。
- 仲裁诉讼：调解不成或教师不愿调解的，可以直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。对仲裁裁决不服的，教师还可以向人民法院提起诉讼，以法律手段维护自身合法权益。
四、特殊情况说明
- 病假情况：教师请病假时，绩效工资的发放通常根据事业单位的规章制度确定。一般来说，病假在特定时间范围内的（如2个月以内），基本工资、级别工资等不受影响，但具体绩效工资的发放可能因学校规定而异，需参照学校具体的规章制度执行。
总结来说，学校扣除教师绩效工资并非一概而论地违法或合法，而是需根据具体情况来判断。在存在明确制度依据、合理绩效考核制度以及遵守相关法律法规的前提下，扣除行为可能是合法的；反之，则可能构成违法。因此，教师在面对此类情况时，应充分了解自己的权益，并在必要时通过合法途径维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。