结论：仲裁后被公司上诉至法院，一审驳回、二审法院不受理的情况下，未被仲裁的事项是否合法，需分情况讨论。一般来说，若未被仲裁的事项与仲裁事项无直接关联，且未违反法定程序，则可能是合法的；但若未被仲裁的事项本应属于仲裁范围或因程序问题导致未被处理，则可能不合法。以下为详细分析：
一、仲裁与诉讼的衔接及法院处理原则
仲裁前置原则：在劳动争议中，仲裁通常是诉讼的前置程序。即当事人需先向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁裁决不服的，方可向人民法院提起诉讼。这一原则旨在通过仲裁快速、高效地解决劳动争议，减轻法院负担。
法院对仲裁裁决的审查：当事人对仲裁裁决不服提起诉讼后，法院会对仲裁裁决进行审查。审查内容包括仲裁裁决是否违反法定程序、是否超出仲裁范围、是否适用法律错误等。若法院认为仲裁裁决存在上述问题，可能会撤销或改判仲裁裁决。
二审法院不受理的情况：若一审法院驳回当事人的诉讼请求后，当事人不服提起上诉，二审法院在审查后认为上诉请求不成立或不符合受理条件的，可能会裁定不予受理或驳回上诉。这通常意味着一审法院的判决在法律上得到了确认。
二、未被仲裁事项合法性的分析
事项与仲裁无直接关联：若未被仲裁的事项与仲裁事项无直接关联，且该事项本身不属于劳动争议仲裁的范围（如涉及公司内部管理、商业秘密等非劳动争议事项），则法院在处理劳动争议诉讼时，可能不会对该事项进行审查。此时，未被仲裁的事项可能是合法的，因为它本身就不应由仲裁机构处理。
事项本应属于仲裁范围但未被处理：若未被仲裁的事项本应属于劳动争议仲裁的范围（如工资支付、解除劳动合同等），但因某种原因（如当事人未提出、仲裁机构遗漏等）未被仲裁机构处理，则该事项的合法性可能存在问题。此时，当事人可以通过申请补充仲裁或向法院提起诉讼（若符合诉讼条件）来维护自己的权益。
程序问题导致未被处理：若未被仲裁的事项因程序问题（如超过仲裁时效、未提供充分证据等）导致仲裁机构未予处理，则该事项的合法性可能受到质疑。但需要注意的是，程序问题通常不会导致事项本身的非法性，而是可能导致当事人无法通过仲裁或诉讼途径获得救济。
三、建议与措施
审查仲裁裁决和法院判决：当事人应仔细审查仲裁裁决和法院判决，了解未被仲裁事项的具体情况及其原因。
咨询专业律师：若当事人对仲裁裁决或法院判决有异议，或认为未被仲裁的事项存在合法性问题，建议咨询专业律师以获取更详细的法律意见和解决方案。
考虑补充仲裁或诉讼：若未被仲裁的事项本应属于仲裁范围且因程序问题未被处理，当事人可以考虑申请补充仲裁或向法院提起诉讼（若符合诉讼条件）来维护自己的权益。
作为王力群律师，我专注于劳动纠纷等领域，若你有任何关于劳动仲裁或诉讼的法律问题，可以直接向我咨询。