单位应立即启动内部调查程序，根据调查结果依法依规处理，若存在违规行为需及时纠正并可能面临劳动行政处罚或民事赔偿责任。具体分析如下：
- 内部调查与事实认定
单位需第一时间成立专项调查组，通过查阅考勤记录、工资发放凭证、劳动合同、员工手册等书面材料，结合询问涉事员工、部门负责人及知情同事等方式，核实以下关键事实：
- 员工未上班的具体时间段及原因（如病假、事假、旷工或其他约定情形）；
- 单位是否已按规章制度履行请假审批流程；
- 工资发放是否符合劳动合同约定及最低工资标准；
- 是否存在单位默许或主动安排员工“挂名领薪”的特殊情形。
若调查发现员工存在虚假请假、旷工等违规行为：
单位可依据《劳动合同法》第39条，以“严重违反用人单位规章制度”为由解除劳动合同，且无需支付经济补偿。但需注意：
- 规章制度需经民主程序制定并公示，否则可能被认定为无效；
- 解除程序需合法，包括提前通知工会、出具书面解除通知等。
若调查发现单位存在管理漏洞（如未及时审批请假、未核验考勤）：
单位需立即整改流程，并可依据《工资支付暂行规定》第16条，要求员工返还多领取的工资（若构成不当得利）。但若员工未上班系单位主动安排（如待岗、内退等），则需按约定支付工资，否则可能面临劳动仲裁索赔。
- 外部举报的应对与法律风险
若举报人向劳动监察部门投诉，单位需配合调查并提供相关证据。根据《劳动保障监察条例》第30条，若单位存在“不按照劳动保障行政部门的要求报送书面材料、隐瞒事实真相”等行为，可能被处以2000元以上2万元以下罚款。
若举报内容涉及刑事犯罪（如贪污、职务侵占）：
单位需立即向公安机关报案。例如，若员工与财务人员串通，通过伪造考勤记录骗取工资，可能构成《刑法》第271条的职务侵占罪，单位需作为被害人配合侦查。
- 后续合规建议
- 完善制度：修订员工手册，明确请假流程、旷工处理规则及工资支付条件，并经职工代表大会讨论通过；
- 技术防控：引入指纹打卡、人脸识别等考勤系统，减少人为操作空间；
- 定期审计：每季度核查工资发放与考勤记录的匹配性，留存书面记录；
- 员工培训：组织劳动法专题培训，强调诚信义务及违规后果。
单位需以事实为依据，以法律为准绳，既要维护自身合法权益，也要避免因处理不当引发劳动纠纷或行政处罚。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。