若公司单方面变更考勤时间且协商不一致，劳动者有权拒绝并可采取以下措施维护自身权益：
明确公司行为性质
根据《劳动合同法》第三十五条，劳动合同内容的变更（包括考勤时间）需双方协商一致并书面确认。若公司未经劳动者同意单方面变更，属于违法行为，劳动者有权拒绝执行新考勤制度。
保留证据链
劳动者需立即收集以下证据：
- 原始劳动合同中关于考勤的条款（证明初始约定）；
- 公司单方面变更考勤的通知（如邮件、公告、聊天记录等）；
- 协商过程的记录（如录音、书面沟通记录）；
- 自身按原考勤出勤的证明（如打卡记录、考勤表）。
证据链的完整性直接影响后续维权效果，建议优先通过书面形式固定证据。
分阶段维权策略
- 协商阶段：以书面形式向公司提出异议，明确拒绝单方面变更并要求恢复原考勤制度，同时留存送达证明（如EMS邮寄回执）。
- 投诉阶段：若公司拒不改正，可向当地劳动监察大队投诉（需提交证据材料），监察部门将责令公司限期整改。
- 仲裁阶段：若投诉无果，可在劳动关系终止后1年内申请劳动仲裁，主张公司支付违法变更期间的工资差额、经济补偿金等。
若公司以“不服从管理”为由解除劳动合同，劳动者可同步主张违法解除赔偿金（2N标准）。
特殊情形处理
- 公司经营困难需变更考勤：若公司能证明变更系因生产经营必要（如业务转型、客观情况重大变化），且已履行民主程序（如职工代表大会讨论），则可能被认定为合法变更。但劳动者仍享有协商权，可要求公司提供补偿方案（如调整薪资、缩短工时等）。
- 试用期考勤变更：试用期考勤制度同样需双方约定，公司单方面变更同样违法，劳动者可主张按原约定履行或解除合同并要求赔偿。
行动建议：
- 立即停止执行新考勤制度，按原约定出勤；
- 3日内向公司发送书面异议函；
- 同步向劳动监察部门投诉并申请仲裁立案；
- 避免主动离职，等待公司违法解除或协商补偿。
注：若公司变更考勤涉及加班时长调整，需额外注意《劳动法》第41条关于每日加班不超过3小时、每月不超过36小时的限制，超时部分可主张加班费。
如有具体证据材料或细节需要分析，可直接向我提供，我将进一步结合案情制定维权方案。