结论：单位因员工入职时未写亲属关系而开除员工，这一行为是否合法需视具体情况而定，不能一概而论。以下从多个角度进行分析：
一、从劳动合同法的角度
劳动合同的解除条件：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位解除劳动合同应当有合法依据，如员工严重违反用人单位的规章制度、严重失职给用人单位造成重大损害等。
- 若单位规章制度中明确规定了员工需如实填写亲属关系，且该规定不违反法律法规的强制性规定，同时员工未填写亲属关系的行为确实构成了严重违反规章制度，那么单位有权解除劳动合同。
规章制度的合法性：
- 单位的规章制度必须经过民主程序制定，且内容不违反法律法规的强制性规定，才能作为解除劳动合同的依据。
- 若单位规章制度中未明确规定员工需填写亲属关系，或者该规定本身违法，那么单位以此为由解除劳动合同则可能构成违法解除。
二、从亲属关系与劳动合同履行的关系角度
亲属关系对劳动合同履行的影响：
- 一般情况下，员工的亲属关系并不直接影响劳动合同的履行。除非该亲属关系涉及到利益冲突、竞业限制等特殊情况，且单位有明确规定。
- 若单位无法证明员工未填写亲属关系对劳动合同履行造成了实质性影响，那么以此为由解除劳动合同则可能缺乏合理性。
单位的举证责任：
- 若单位主张员工未填写亲属关系构成严重违反规章制度，那么单位需要承担举证责任，证明该行为确实对单位造成了重大损害或影响了劳动合同的履行。
- 若单位无法提供充分证据支持其主张，那么解除劳动合同的行为可能被认定为违法。
三、从实际操作和法律后果的角度
实际操作中的建议：
- 对于员工而言，在入职时应如实填写个人信息，包括亲属关系等，以避免不必要的纠纷。
- 对于单位而言，应制定合法、合理的规章制度，并明确告知员工相关要求和后果。在解除劳动合同时，应确保有合法依据和充分证据。
法律后果：
- 若单位违法解除劳动合同，员工有权要求单位继续履行劳动合同或支付赔偿金。
- 赔偿金的计算通常根据员工在单位的工作年限、工资水平等因素确定，具体计算公式为：赔偿金=经济补偿金×2，其中经济补偿金=工作年限×月工资（月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年）。
建议：若您因未填写亲属关系而被单位开除，且认为单位的行为违法，您可以先与单位协商解决；协商无果的，可以向劳动争议调解委员会申请调解；调解不成的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，还可以向人民法院提起诉讼。在此过程中，建议您保留好相关证据，如劳动合同、规章制度、开除通知等，以便维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。