结论：起诉前双方自行达成的调解协议违约后，起诉的法律关系主要取决于调解协议的性质和内容，一般可以基于原合同关系或新的合同关系（即调解协议本身）来起诉。
分析说明：
基于原合同关系起诉：
- 情况描述：如果调解协议仅仅是对原合同中的某些条款进行了修改或补充，而没有完全改变原合同的基本性质和目的，那么当调解协议违约时，原告可以选择基于原合同关系来起诉。
- 法律依据：根据《民法典》的相关规定，合同是双方意思表示一致的协议，对双方具有法律约束力。如果调解协议没有完全取代原合同，那么原合同仍然有效，违约方需要承担原合同下的违约责任。
- 实际操作：在这种情况下，原告需要证明调解协议是对原合同的修改或补充，并且违约行为同时违反了原合同和调解协议的相关条款。
基于新的合同关系（调解协议）起诉：
- 情况描述：如果调解协议已经完全取代了原合同，或者调解协议本身构成了一个独立的合同，那么当调解协议违约时，原告应该基于这个新的合同关系来起诉。
- 法律依据：同样根据《民法典》的相关规定，调解协议作为双方新的意思表示一致的协议，一旦成立并生效，就对双方具有法律约束力。违约方需要承担调解协议下的违约责任。
- 实际操作：在这种情况下，原告需要证明调解协议是一个独立且有效的合同，并且违约方违反了调解协议的相关条款。
特别提醒：
- 在起诉前，原告需要仔细审查调解协议的内容，确定其性质和目的，以便选择正确的法律关系进行起诉。
- 如果调解协议中包含了仲裁条款或其他争议解决方式，原告需要按照协议中的约定来处理争议，而不是直接向法院起诉。
- 在起诉过程中，原告需要提供充分的证据来证明违约行为的存在以及违约方的责任，包括调解协议、原合同（如果适用）、违约证据等。
后续行动建议：
- 如果您面临这样的情况，建议首先仔细审查调解协议和原合同的内容，确定起诉的法律关系。
- 收集并整理相关证据，包括调解协议、原合同、违约证据等，以便在起诉过程中使用。
- 如果您对法律程序或证据收集有疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。