结论前置：不动产能否登记与借款合同中约定的金额高低并无直接关联，主要取决于不动产的实际权属状况、是否符合登记条件以及登记机构对申请材料的审核结果。以下分情况详细说明：

1. 若不动产产权清晰，符合登记条件：

   • 即使借款合同中约定的金额高于不动产的实际价值，这并不影响不动产本身的登记。不动产登记机构主要审查的是不动产的权属、面积、用途等基本信息，以及申请登记的材料是否齐全、合法，而不会直接介入借款合同金额的合理性审查。
   • 因此，在这种情况下，不动产仍然可以正常进行登记，包括抵押登记（如果借款合同中约定了抵押条款）。

2. 若不动产存在权属争议或不符合登记条件：

   • 如果不动产存在权属争议，如共有权人之间对产权分配有异议，或者不动产被查封、扣押等，那么即使借款合同中约定的金额再高，也无法进行登记。
   • 同样，如果不动产本身不符合登记条件，如未取得规划许可、建设许可等，也无法进行登记。

3. 关于借款合同金额与不动产价值的关系：

   • 借款合同中约定的金额高于不动产实际价值，这主要涉及到的是借款合同的履行能力和风险问题。如果借款人无法按时还款，出借人虽然可以依据借款合同主张权利，但在实现抵押权时（如果存在抵押），可能会面临不动产拍卖价款不足以清偿全部债务的情况。
   • 这并不影响不动产的登记本身，但出借人在签订借款合同时应谨慎评估借款人的还款能力和不动产的实际价值，以降低风险。

建议：在签订借款合同并涉及不动产登记时，建议双方当事人充分了解不动产的实际情况和权属状况，确保借款合同中的条款合法、合理，并咨询专业律师以规避潜在的法律风险。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。