针对您提出的问题，首先明确结论：员工盗取店内商品，若仅让员工签字承认并私了，之后员工不履行，您仍然可以起诉，但需确保有充分证据支持您的诉求。以下从多个角度为您详细分析：
一、证据收集与固定
签字承认的书面材料：员工签字承认盗取商品的书面材料是关键证据之一。这份材料应详细记录盗取的时间、地点、商品种类及数量等关键信息，并由员工本人签字确认。务必确保签字是员工真实意愿的表达，且签字过程无胁迫、欺诈等情形，否则该证据可能因合法性存疑而被排除。
监控录像：如果店内安装有监控摄像头，且监控范围覆盖了盗取行为发生的区域，那么监控录像将是证明员工盗取行为的有力证据。监控录像应清晰、完整，能够直接反映员工盗取商品的全过程。
其他证人证言：如果有其他员工或顾客目击了盗取行为，他们的证言也可以作为辅助证据。证人证言应详细、具体，且能够与其他证据相互印证。
商品缺失记录：店内商品缺失的记录，如库存盘点表、销售记录等，也可以作为间接证据，证明商品被盗取的事实。这些记录应准确、完整，且能够与签字承认的书面材料、监控录像等证据相互印证。
二、私了协议的效力与履行
私了协议的效力：如果双方在私了过程中达成了协议，且协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该协议是有效的。但务必确保协议内容明确、具体，且双方签字确认。
私了协议的履行：如果员工在私了后不履行协议约定的义务，如赔偿损失、返还商品等，您有权依据协议向法院提起诉讼，要求员工履行协议或承担违约责任。在起诉时，您需要将私了协议作为证据提交给法院。
三、起诉的流程与注意事项
起诉准备：在起诉前，您需要准备好所有相关证据，包括签字承认的书面材料、监控录像、证人证言、商品缺失记录以及私了协议等。这些证据应整理成册，并附上证据清单。
起诉状撰写：起诉状应详细陈述案件事实、诉讼请求及理由，并附上相关证据材料。起诉状应明确、具体，且符合法律规定的格式要求。
法院立案与审理：将起诉状及相关证据材料提交给法院后，法院将进行立案审查。如果符合立案条件，法院将受理案件并安排审理。在审理过程中，您需要积极配合法院的工作，按时出庭参加诉讼。
判决与执行：法院将根据案件事实和法律规定作出判决。如果员工不履行判决确定的义务，您可以向法院申请强制执行。在执行过程中，法院将采取一系列措施迫使员工履行义务。
四、法律建议
及时收集并固定证据：在发现员工盗取商品后，应立即收集并固定相关证据，防止证据灭失或被篡改。
谨慎选择私了方式：虽然私了可以快速解决纠纷，但务必确保私了协议的内容合法、有效，并明确双方的权利义务。如果可能的话，建议咨询专业律师的意见。
积极维护自身权益：如果员工不履行私了协议或拒绝承担法律责任，您应积极向法院提起诉讼，维护自身合法权益。
如果您在处理此类纠纷时遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我将根据您的具体情况提供详细的法律建议和指导。