结论前置：

1. 用人单位一般不能直接扣工资，但可依据规章制度或劳动合同要求员工赔偿损失（需符合法定条件）。
   
2. 若员工未办理离职手续导致公司损失，公司可通过法律途径追偿，而非直接扣工资。
   

具体分析：

一、员工未办理离职手续的法律性质

根据《劳动合同法》第37条，劳动者提前30日书面通知用人单位可解除劳动合同（试用期提前3日）。若员工未提前通知即离职，属于违法解除劳动合同，需承担对用人单位造成的直接经济损失赔偿责任。

但需注意：

• 赔偿范围仅限“直接经济损失”（如紧急招聘替代人员的费用、因岗位空缺导致的订单违约损失等），且需公司举证损失金额。
  
• 不能直接以“未办理手续”为由扣除全部或部分工资，否则涉嫌违法克扣工资（《工资支付暂行规定》第15条）。
  

二、用人单位的正确处理方式

1. 固定证据：

   • 保存员工未提前通知的证据（如考勤记录、工作交接记录、邮件通知等）。
     
   • 统计因员工突然离职导致的直接经济损失（如招聘费用、客户索赔凭证等）。
     

2. 追偿途径：

   • 协商：要求员工返还多支付的工资或赔偿损失（需书面协议）。
     
   • 劳动仲裁：若协商不成，可向劳动仲裁委申请仲裁，要求员工赔偿损失。
     
   • 诉讼：对仲裁结果不服的，可向法院起诉。
     

3. 禁止行为：

   • 不得以“未办理离职手续”为由拒绝支付工资（《工资支付暂行规定》第9条）。
     
   • 不得超过员工当月工资的20%扣除赔偿（剩余工资不得低于当地最低工资标准）。
     

三、实务建议

1. 完善规章制度：

   • 在劳动合同或员工手册中明确“未提前通知离职的赔偿责任”，并经民主程序公示。
     
   • 规定离职流程（如书面申请、工作交接、归还财物等），要求员工签字确认。
     

2. 及时处理：

   • 员工离职后，立即统计损失并发送书面索赔函，避免超过1年仲裁时效。
     

3. 风险规避：

   • 对关键岗位员工，可约定“服务期”或“竞业限制”条款，增加违约成本。
     

总结：员工未办理手续离职，公司不能直接扣工资，但可通过法律途径追偿实际损失。建议公司完善制度、固定证据，依法维权。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。