针对您提出的“如果未办辞职手续，公司扣工资是否合法”的问题，以下是我的详细解答：
结论前置：在大多数情况下，不办离职手续时公司扣发工资是不合法的。但也有一些特殊情况，如果劳动者给公司造成了实际损失，或者劳动合同及公司规章制度中有明确且合法的规定，公司可能有权扣除部分工资。
法律分析：
通常情况下不合法：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资是劳动者付出劳动后的基本权利，公司应按月以货币形式支付给劳动者本人，不得克扣或无故拖欠。
- 《工资支付暂行规定》第九条也明确指出，劳动关系解除或终止时，公司应一次付清劳动者工资。这说明，工资的支付与是否办理离职手续无直接关联。
特殊情况可能合法：
- 如果劳动者未办理离职手续，且这一行为导致公司遭受了实际损失，如因未交接工作导致公司业务中断、客户流失等，且公司能提供充分证据证明损失的存在和具体数额，那么根据劳动合同的约定，公司有权要求劳动者赔偿经济损失。但扣除的工资部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
- 另外，如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了不办离职手续将扣发工资，并且这些规定是合法有效的（即不违反法律法规的强制性规定），那么公司在符合规定的前提下可能有权扣除部分工资。但这种情况较为少见，且公司需确保规定的合法性，并经过民主程序制定并向员工公示。
应对措施：
- 如果您遇到公司以不办离职手续为由扣发工资的情况，首先应与公司协商解决，要求公司支付应得的工资。
- 如果协商不成，您可以向当地劳动监察部门投诉，由劳动监察部门介入调查并处理。
- 若劳动监察部门仍无法解决问题，您还可以选择申请劳动仲裁或向法院提起诉讼，通过法律途径来维护自己的合法权益。
实际应用指导：
- 对于劳动者而言，了解法律规定是关键。在遇到类似情况时，应首先尝试与公司沟通解决，并保留好相关证据，如工资条、劳动合同、离职通知等，以备不时之需。
- 对于公司而言，虽然有时可能因劳动者未办理离职手续而遭受损失，但扣发工资仍需谨慎。公司应确保有充分的法律依据和证据支持，避免引发不必要的法律纠纷。同时，完善劳动合同和公司规章制度，明确相关规定，也是预防此类问题发生的有效措施。
综上所述，不办离职手续时公司扣发工资在大多数情况下是不合法的。如果您遇到此类情况，请务必了解自己的合法权益，并采取适当的措施来维护自己的权益。