结论：在公司未能证明员工未实际从事工作，且结合考勤记录认定构成加班的情况下，公司应当支付加班费。以下从法律背景、加班认定、加班费计算及举证责任等角度进行详细分析：

一、法律背景

根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：

1. 安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
2. 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
3. 法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。

这些规定明确了加班费的支付标准和条件，是劳动者主张加班费的重要法律依据。

二、加班的认定

加班的认定通常基于两个核心要素：一是劳动者在正常工作时间之外提供了劳动；二是这种劳动是用人单位安排或认可的。考勤记录作为记录劳动者出勤情况的直接证据，是认定加班的重要依据之一。

1. 考勤记录的作用：考勤记录能够直观反映劳动者的出勤时间，包括正常工作时间和加班时间。如果考勤记录显示劳动者在正常工作时间之外有出勤记录，且用人单位未能提供相反证据证明劳动者未实际从事工作，那么可以初步认定劳动者存在加班事实。
2. 用人单位的举证责任：根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》等相关规定，用人单位主张劳动者未加班的，应当承担举证责任。如果用人单位无法提供有效证据证明劳动者未实际从事工作，或者提供的证据不足以反驳劳动者的加班主张，那么用人单位应当承担不利后果，即认定劳动者存在加班事实。

三、加班费的计算

加班费的计算通常基于劳动者的加班时间和工资标准。具体计算公式如下：

1. 工作日加班：加班费 = 月工资基数 ÷ 21.75天 ÷ 8小时 × 加班小时数 × 150%
2. 休息日加班：如果用人单位不能安排补休，加班费 = 月工资基数 ÷ 21.75天 × 加班天数 × 200%
3. 法定节假日加班：加班费 = 月工资基数 ÷ 21.75天 × 加班天数 × 300%

其中，月工资基数通常指劳动者正常工作时间的月工资，包括基本工资、奖金、津贴等固定收入部分。

四、建议与注意事项

1. 保留证据：劳动者在主张加班费时，应当保留好考勤记录、加班通知、工作记录等相关证据，以便在劳动争议中证明自己的加班事实。
2. 及时主张权利：劳动者在发现用人单位未支付加班费时，应当及时向用人单位提出主张，或者向劳动监察部门投诉举报，以维护自己的合法权益。
3. 咨询专业律师：如果劳动者在主张加班费过程中遇到法律难题或争议，建议咨询专业律师，以便获得更全面、准确的法律建议和支持。

综上所述，在公司未能证明员工未实际从事工作，且结合考勤记录认定构成加班的情况下，公司应当支付加班费。劳动者在主张加班费时，应当了解相关法律法规和计算方法，并保留好相关证据，以便在劳动争议中维护自己的合法权益。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。