在建设工程施工合同案件中，当事人可以同时要求支付逾期违约金和要求赔偿损失，但需注意违约金与损失赔偿的适用关系。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与原理
《中华人民共和国民法典》的相关规定：
- 第五百七十七条：明确了当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。这为要求赔偿损失提供了直接的法律依据。
- 第五百八十四条：规定当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定，造成对方损失的，损失赔偿额应当相当于因违约所造成的损失，包括合同履行后可以获得的利益；但是，不得超过违约一方订立合同时预见到或者应当预见到的因违约可能造成的损失。这进一步明确了损失赔偿的范围和原则。
- 第五百八十五条：允许当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。这为约定违约金提供了法律依据。
违约金与损失赔偿的关系：
- 违约金具有补偿性和惩罚性双重属性。当约定的违约金低于造成的损失时，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以增加；当约定的违约金过分高于造成的损失时，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少。
- 损失赔偿旨在弥补守约方因违约行为所遭受的实际损失。在违约金不足以弥补损失的情况下，守约方有权要求违约方赔偿超出违约金部分的损失。
二、实践中的处理方式
合同有约定时：
- 如果合同中同时约定了违约金和损失赔偿的计算方法，且两者并不冲突，那么守约方可以同时主张违约金和损失赔偿。但需注意，违约金和损失赔偿的总和不应超过守约方因违约行为所遭受的实际损失加上可得利益损失。
合同无约定或约定不明确时：
- 如果合同中没有约定违约金或者损失赔偿的计算方法，或者约定不明确，那么守约方可以根据实际损失情况，要求违约方赔偿损失。在这种情况下，如果守约方能够证明违约行为导致了额外的损失（如逾期利息、预期利润损失等），那么这些损失也可以纳入赔偿范围。
- 同时，如果守约方认为约定的违约金过低，不足以弥补其损失，可以请求人民法院或者仲裁机构增加违约金数额，或者另行主张损失赔偿。
三、注意事项与建议
证据收集：
- 当事人需要收集充分的证据证明对方存在违约行为，以及因违约导致的具体损失。这包括但不限于施工日志、进度报告、费用支出凭证、往来函件等。
合理预见原则：
- 在计算可得利益损失时，应遵循合理预见原则。即违约方在订立合同时能够预见到或者应当预见到的因违约可能造成的损失，才应纳入赔偿范围。
及时主张权利：
- 一旦发现对方存在违约行为并可能导致损失，守约方应及时采取措施防止损失扩大，并在合理期限内提出索赔请求。避免因拖延时间而导致证据灭失或权利丧失。
协商与诉讼：
- 在处理建设工程施工合同纠纷时，双方可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决争议。如果协商不成，守约方可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益。
举例说明：假设在一个建设工程施工合同中，发包方未按照约定时间支付工程款，导致承包方停工并产生了额外的窝工损失和预期利润损失。如果合同中同时约定了违约金和损失赔偿的计算方法，且违约金不足以弥补承包方的实际损失和预期利润损失，那么承包方可以同时主张违约金和要求赔偿超出违约金部分的损失。
综上所述，在建设工程施工合同案件中，当事人可以同时要求支付逾期违约金和要求赔偿损失，但需注意违约金与损失赔偿的适用关系，并遵循相关法律规定和原则。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。