当员工因未签劳动合同而申请仲裁时，公司应积极准备证据，明确责任归属，尝试协商和解，并在必要时积极参与仲裁程序，同时咨询专业法律人士以降低风险。 以下是从不同角度给出的详细分析和建议：
一、前期准备阶段
核实仲裁请求及证据
- 公司应认真核查员工的仲裁请求，包括双倍工资差额、支付拖欠工资及加班费等。
- 仔细分析员工提交的证据，如工资支付记录、工作证、考勤记录等，评估其证明力，以便在仲裁过程中有效应对。
梳理相关事实与证据
- 确认劳动关系存续时间，收集考勤记录、工作成果交付记录、工资发放记录等证据，以证明公司已履行相应义务或员工的工作情况。
- 核查未签合同的原因，若是员工方面导致，如拒绝签订或拖延签订，公司应收集书面通知、沟通记录、证人证言等证据，以证明公司已尽到签订合同的义务。
判断责任归属
- 分析未签劳动合同的责任归属。根据《劳动合同法》的规定，用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应向劳动者每月支付二倍的工资。若公司因疏忽或故意未签合同，需承担相应法律后果。
- 若公司能证明未签合同的责任在员工，如员工拒绝签订或提供虚假信息导致无法签订，公司可减轻或免除责任。
咨询专业法律意见
- 在对法律问题把握不准时，公司应及时咨询专业劳动法律师，获取准确的法律分析和应对策略建议，以确保在仲裁过程中处于有利地位。
二、应对仲裁程序阶段
积极参与仲裁程序
- 公司应按时提交答辩材料，针对员工的仲裁请求逐一回应和反驳，阐明公司立场和理由。
- 按时参加庭审，公司法定代表人或委托代理人应出庭应诉，维护公司合法权益。在庭审过程中，公司应遵守仲裁纪律，尊重仲裁员和对方当事人的权利。
庭审中有效举证和辩论
- 在庭审过程中，公司应有序出示收集和整理的相关证据，并清晰说明证据的来源、内容和证明目的。例如，出示工资发放记录以证明公司已按时支付工资，出示考勤记录以证明员工的工作时长等。
- 针对员工的主张和证据进行有理有据的辩论，强调公司的合规性和合理性。例如，若员工主张双倍工资差额，公司可辩称已尽到签订合同的义务或未签合同的责任在员工等。
尝试协商和解
- 在法律框架内，公司可尝试与员工沟通，寻求和解方案。例如，协商支付一定补偿以解决纠纷，避免仲裁程序带来的时间和成本消耗。
- 在协商过程中，公司应注意核对员工申请仲裁的时间，若超出《劳动争议调解仲裁法》规定的一年时效期，可作为抗辩点，与员工进行更有利的谈判。
三、后续执行与改进阶段
尊重仲裁结果
- 若仲裁裁决公司需承担责任，如支付赔偿金、补签劳动合同等，公司应尊重裁决结果，按裁决书要求履行义务。这有助于维护公司的信誉和形象，避免进一步的法律纠纷。
- 若公司认为裁决存在问题，可在法定期限内向有管辖权的人民法院提起诉讼。但在提起诉讼前，公司应充分评估上诉风险和成本，确保诉讼的可行性和必要性。
完善劳动管理制度
- 公司应建立健全劳动合同签订管理制度，明确签订流程和责任部门，确保新员工入职时及时签订书面劳动合同。这有助于预防类似纠纷的再次发生，降低公司的法律风险。
- 定期组织管理人员和人力资源部门工作人员参加劳动法律法规培训，提高法律意识和风险防范能力。通过培训，使相关人员了解最新的法律法规和政策动态，确保公司在劳动管理方面的合规性。
最后需要强调的是，公司在面对员工未签劳动合同的仲裁申请时，应全面准备、积极应对，并在事后完善管理制度以防范类似风险再次发生。若公司在处理此类纠纷过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，可直接向我咨询。