非法施工行为主要由多个部门根据违法行为的性质、地点和严重程度共同负责监管和处罚。以下是各部门的具体职责和法律依据，供您参考：

一、主要管理部门及其职责

1. 自然资源部门

   • 职责：负责监管和查处违反土地利用总体规划、未经批准擅自占用土地进行建设等行为。
   • 法律依据：《中华人民共和国土地管理法》第七十七条。该条款明确规定了非法占用土地的法律责任，包括责令退还非法占用的土地、限期拆除违法建筑物等。

2. 住房和城乡建设部门（住建局）

   • 职责：查处未取得施工许可证或未按施工许可证规定擅自施工等违反建筑施工管理规定的行为。
   • 法律依据：《中华人民共和国建筑法》第七条。该条款要求建筑工程开工前必须申请领取施工许可证，未取得许可证擅自施工的，将受到责令改正、停止施工等处罚。

3. 城市管理部门（综合执法局）

   • 职责：管理和处罚在城市规划区内未经规划许可进行建设、影响城市市容市貌的非法施工行为。
   • 法律依据：《城市市容和环境卫生管理条例》第十四条。该条款规定了任何单位和个人都不得在街道两侧和公共场地堆放物料、搭建建筑物等，因建设等特殊需要临时堆放或搭建的，必须征得城市人民政府市容环境卫生行政主管部门同意。

4. 生态环境部门

   • 职责：监管施工过程中产生的环境污染问题。
   • 法律依据：《中华人民共和国环境保护法》第四十一条。该条款要求建设项目中防治污染的设施应当与主体工程同时设计、同时施工、同时投产使用，不得擅自拆除或者闲置。

5. 水利部门

   • 职责：管理和处罚在河道、湖泊等水利工程管理范围内未经许可进行建设施工等影响水利安全和行洪安全的行为。
   • 法律依据：《中华人民共和国水法》第三十七条。该条款禁止在江河、湖泊、水库、运河、渠道内弃置、堆放阻碍行洪的物体和种植阻碍行洪的林木及高秆作物，禁止在河道管理范围内建设妨碍行洪的建筑物等。

二、其他相关部门及其职责

1. 乡、镇人民政府

   • 管辖范围：负责乡、村庄规划区内未依法取得乡村建设规划许可证或未按该许可证规定进行建设的行为。
   • 法律依据：《中华人民共和国城乡规划法》第六十五条。该条款规定了乡、镇人民政府对违反乡村建设规划的行为有权责令停止建设、限期改正。

2. 县级以上地方人民政府城乡规划主管部门

   • 管辖范围：负责县级以上地方未取得建设工程规划许可证或未按该许可证规定进行建设的行为。
   • 法律依据：《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条。该条款规定了县级以上地方人民政府城乡规划主管部门对违反建设工程规划的行为有权责令停止建设，并可以处以罚款或者进行拆除等处罚。

三、建议与行动

• 发现非法施工行为时：建议您及时向相关部门举报，并提供详细证据，如照片、视频等，以便相关部门能够迅速、准确地采取行动。
• 维护自身权益：如果非法施工行为对您造成了损失，您可以依法向相关部门申请行政复议或提起行政诉讼，要求赔偿损失。
• 加强协作与沟通：政府各相关部门应加强协作，形成合力，共同打击非法施工行为，确保法律法规的有效实施。

非法施工行为的管辖部门多元化，具体由哪个部门管辖需根据违规行为的性质和具体情况来判断。如果您在处理非法施工问题时遇到困难或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。