针对您提出的“非法施工怎么处理”的问题，这是一个涉及多个管理部门和法律法规的复杂议题。以下是我为您详细梳理的非法施工处理流程及相关部门的职责：

一、非法施工的主要管理部门及其职责

1. 自然资源部门

   • 职责：主要负责监管和查处违反土地利用总体规划、未经批准擅自占用土地进行建设等行为。
   • 处理方式：一旦发现此类非法施工，自然资源部门会责令停止违法行为，要求限期拆除违法建筑物、恢复土地原状，并可能处以罚款。

2. 住房和城乡建设部门

   • 职责：查处未取得施工许可证或未按施工许可证规定擅自施工等违反建筑施工管理规定的行为。
   • 处理方式：该部门会责令改正非法施工行为，并处以罚款；若情节严重，还会责令停止施工。

3. 城市管理部门（综合执法局）

   • 职责：管理和处罚在城市规划区内未经规划许可进行建设、影响城市市容市貌的非法施工行为。
   • 处理方式：城市管理部门会依法进行查处，并责令拆除违章建筑。

4. 生态环境部门

   • 职责：监管施工过程中产生的环境污染问题，如噪音、粉尘、废水等。
   • 处理方式：一旦发现环境污染问题，生态环境部门会责令限期整改，并可能处以罚款。

5. 水利部门

   • 职责：管理和处罚在河道、湖泊等水利工程管理范围内未经许可进行建设施工等影响水利安全和行洪安全的行为。
   • 处理方式：水利部门会责令停止违法行为，要求限期拆除违法建筑物，并恢复原状。

二、其他相关部门及其职责

1. 乡、镇人民政府

   • 管辖范围：主要负责乡、村庄规划区内未依法取得乡村建设规划许可证或未按该许可证规定进行建设的行为。
   • 处理方式：乡、镇人民政府会责令停止建设，要求限期改正；若逾期不改正，可能会进行拆除。

2. 县级以上地方人民政府城乡规划主管部门

   • 管辖范围：负责县级以上地方未取得建设工程规划许可证或未按该许可证规定进行建设的行为。
   • 处理方式：该部门会责令停止建设，并可能处以罚款或者进行拆除等处罚。

三、处理建议

1. 公众举报：如果您发现非法施工行为，应及时向相关部门举报，并提供详细证据，如照片、视频等，以便相关部门能够迅速、准确地采取行动。

2. 政府协作：政府各相关部门应加强协作，形成合力，共同打击非法施工行为。这包括信息共享、联合执法等，以确保法律法规的有效实施。

3. 法律宣传：加强法律法规的宣传教育，提高公众对非法施工行为的认识和警惕性，从源头上减少非法施工的发生。

综上所述，非法施工行为的处理涉及多个管理部门和法律法规。公众在发现此类行为时，应及时举报并提供证据；政府各部门则应加强协作，共同打击非法施工，维护建筑市场秩序和公共安全。