结论：公司同意补缴社保但税务局不同意，是否合法需分情况讨论，具体如下：

1. 若税务局不同意补缴的理由合法合规
   根据《社会保险法》第六十三条，用人单位未按时足额缴纳社保的，由社保征收机构（通常为税务局）责令限期缴纳或补足。若税务局经核查后认为公司不符合补缴条件（例如：补缴期限超过法定追溯期、证据不足无法认定劳动关系、补缴基数不符合规定等），其拒绝补缴的决定是合法的。此时公司需配合税务局的核查结果，若存在异议可通过行政复议或诉讼途径解决。

2. 若税务局不同意补缴的理由缺乏法律依据
   若公司能提供充分证据证明存在应补缴情形（如劳动合同、工资发放记录等），且税务局无正当理由拒绝（例如：未履行法定核查程序、错误适用法律条款等），则其行为可能构成行政不作为或违法。此时公司可依据《行政复议法》或《行政诉讼法》，向上一级税务机关申请复议，或直接向法院提起行政诉讼，要求撤销税务局的决定并责令其重新处理。

关键点提示：

• 税务局的行政行为需遵循“法无授权不可为”原则，其拒绝补缴的决定必须有明确的法律依据。
  
• 公司需保留补缴申请的相关证据（如申请材料、税务局回复文书等），以便在争议中主张权利。
  
• 社保补缴问题常涉及劳动关系认定、补缴期限等复杂事实，建议结合具体情况进一步分析。

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