仅有部分主体盖章的协议，其生效情况需根据具体情形来判断，不能一概而论。以下是从不同角度进行的分析：
协议性质与约定：
- 若协议明确约定需所有主体盖章方生效：在此情况下，仅有部分主体盖章的协议将不会生效。因为协议的生效条件未得到满足，即所有主体均未完成盖章这一必要步骤。
- 若协议未明确约定生效条件：此时，协议的生效可能依赖于其他因素，如协议的实际履行情况、当事人的行为表示等。若部分主体已盖章，且其他主体通过实际行为（如履行协议义务）表示了同意，那么协议可能被视为生效。
法律规定与司法实践：
- 根据《民法典》的相关规定：合同（协议）的生效通常需要满足当事人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律或行政法规的强制性规定等条件。盖章是合同成立的一种形式，但并非唯一形式。若部分主体盖章，而其他主体未盖章但参与了协议的履行或以其他方式表示了同意，法院在审理时可能会综合考虑各种因素来判断协议的效力。
- 司法实践中：法院在判断仅有部分主体盖章的协议是否生效时，会考虑协议的实际履行情况、当事人的真实意思表示、是否损害国家利益或社会公共利益等因素。若协议已实际履行，且未盖章的主体未提出异议，法院可能会倾向于认定协议有效。
风险与建议：
- 风险：仅有部分主体盖章的协议存在不确定性，可能导致协议效力争议，进而影响当事人的权益。若协议未生效或被认定无效，当事人可能无法依据协议主张权利或承担义务。
- 建议：为避免风险，当事人在签订协议时应尽量确保所有主体均完成盖章。若因特殊原因无法全部盖章，应考虑通过其他方式（如书面确认、实际履行等）来明确各方的意思表示，以确保协议的效力。同时，在协议中明确约定生效条件也是降低风险的有效方式。
举例说明：假设一份合作协议需要A、B、C三家公司盖章方能生效。若仅A、B两家公司盖章，而C公司未盖章，但C公司实际参与了合作项目的实施并从中受益，且未对协议效力提出异议。在此情况下，法院可能会综合考虑各种因素（如实际履行情况、C公司的行为表示等）来判断协议的效力，而非仅依据盖章情况。
总结来看，仅有部分主体盖章的协议是否生效，需根据协议的具体约定、法律规定以及司法实践中的判断标准来综合考量。若您面临此类问题，建议详细分析协议内容、实际履行情况以及相关法律法规，以做出合理判断。如有需要，可以直接向我咨询相关法律问题。