法官认定原告提交的证据材料真实性、合法性、关联性，但不认定其证明目的，这一行为本身并不违法。以下从不同角度对此问题进行详细分析：

一、证据认定的基本原则

在司法实践中，法官对证据的认定遵循真实性、合法性、关联性的基本原则。真实性要求证据内容真实可靠，非伪造或变造；合法性要求证据的收集、提供、审查等程序符合法律规定；关联性则要求证据与案件事实具有逻辑上的联系，能够证明或反驳案件中的某个事实。法官在认定证据时，会综合考虑这三个方面，以决定证据是否具有证明力。

二、证明目的与证据效力的区分

1. 证明目的：指的是当事人希望通过证据证明的具体事实或法律关系。它是当事人主张的一部分，反映了当事人的诉讼意图。
2. 证据效力：则是指证据本身所具有的证明能力，即证据能否被法庭采纳并作为认定案件事实的依据。证据效力取决于证据的真实性、合法性和关联性。

法官在认定证据时，主要关注的是证据的效力，而非当事人的证明目的。即使证据在真实性、合法性和关联性上均得到认可，其证明目的也可能因法律解释、事实认定或逻辑推理等原因而不被法官采纳。

三、法官不认定证明目的的合法性

1. 法律赋予的自由裁量权：法官在审理案件时，享有对证据的自由裁量权。这意味着法官可以根据案件的具体情况，对证据的证明力进行独立判断。因此，法官不认定当事人的证明目的，是其行使自由裁量权的体现，并不违反法律规定。
2. 遵循法律逻辑和事实认定：法官在认定证据时，会遵循法律逻辑和事实认定的原则。如果当事人的证明目的与法律逻辑或事实认定不符，法官有权不予以采纳。这种不采纳是基于对法律和事实的尊重，而非对当事人的不公。
3. 保障司法公正和效率：法官不认定当事人的证明目的，还有助于保障司法公正和效率。如果法官盲目采纳当事人的证明目的，可能会导致案件事实认定不清、法律适用错误，从而损害司法公正。同时，不合理的证明目的也可能导致诉讼程序冗长、效率低下。

四、当事人的应对策略

如果当事人认为法官不认定其证明目的存在错误或不当，可以采取以下策略：

1. 提出异议：在庭审过程中，当事人可以及时向法官提出异议，说明自己的证明目的与证据之间的逻辑关系，以及为何认为法官的认定存在错误。
2. 申请复议或上诉：如果当事人对法官的认定结果不服，可以在法定期限内申请复议或上诉。在复议或上诉过程中，当事人可以进一步阐述自己的观点，并提供相关证据支持。
3. 寻求专业法律帮助：当事人可以咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及如何更好地维护自己的合法权益。律师可以为当事人提供专业的法律意见和诉讼策略，帮助当事人应对诉讼中的挑战。

总结来看，法官认定原告提交的证据材料真实性、合法性、关联性，但不认定其证明目的，这一行为本身并不违法。当事人在面对这种情况时，应理性对待，通过合法途径维护自己的权益。如有任何法律问题，可以直接向我咨询。