在探讨书面劳动合同签署主体与社保缴纳主体不一致时如何认定劳动关系的问题时，我们需要从多个维度进行综合考量，以确保结论的准确性和合法性。以下是对此问题的详细解答：
一、核心原则：综合审查与判断
即便社保缴纳主体与书面劳动合同的签署主体（即用人单位）不一致，我们依然可以通过综合审查书面证据、考量实际工作情况以及参考其他相关证据，来准确认定劳动关系的存在。
二、审查书面证据
劳动合同：
- 劳动合同是证明劳动关系最直接且有力的证据。若劳动者与用人单位签订了书面劳动合同，并明确约定了工作内容、地点、时间、劳动报酬等关键条款，这即可作为认定劳动关系存在的重要依据。
工资支付凭证或记录：
- 工资支付凭证，如银行转账流水、工资条等，能够反映用人单位与劳动者之间的经济往来。固定的工资支付周期和金额，以及由用人单位账户支付给劳动者的行为，都是认定劳动关系的有力证据。
身份证明证件：
- 用人单位发放的工作证、服务证等能够证明劳动者身份的证件，上面通常会印有单位名称、劳动者姓名、岗位等信息，这些也可作为认定劳动关系的辅助证据。
三、考量实际工作情况
工作管理与指挥：
- 用人单位对劳动者进行工作管理和指挥是劳动关系的重要特征。这包括安排工作任务、制定工作规则和纪律、进行考勤管理等。劳动者需按照用人单位的要求按时上下班，接受工作安排和监督，这表明双方存在管理与被管理的关系。
工作场所与设备提供：
- 劳动者在用人单位提供的工作场所内，使用用人单位提供的设备、工具等进行工作，这是认定劳动关系的重要因素。它表明劳动者与用人单位之间存在紧密的联系和工作上的依赖关系。
工作内容关联性：
- 劳动者从事的工作应是用人单位业务的组成部分。例如，若劳动者在一家制造企业负责生产线操作，这显然属于该企业的核心业务。即使社保缴纳主体不同，也不影响劳动关系的认定。
四、参考其他相关证据
同事证言：
- 其他同事的证言可以作为辅助证据，证明劳动者在用人单位的工作情况。同事作为与劳动者一同工作的人，对实际情况较为了解，他们的证言在一定程度上能够印证劳动关系的存在。
业务往来文件：
- 劳动者以用人单位名义对外开展业务所形成的文件，如合同、发票、业务邮件等，也可以作为认定劳动关系的参考。这些文件表明劳动者在为用人单位履行工作职责，参与了用人单位的业务活动。
五、特殊情况分析
劳务派遣：
- 在劳务派遣关系中，劳动者与劳务派遣单位签订劳动合同，社保一般由劳务派遣单位缴纳，但劳动者实际在用工单位工作，接受用工单位的管理。此时，虽然社保缴纳主体与实际工作单位不一致，但根据劳务派遣协议和相关法律规定，劳动者与劳务派遣单位建立劳动关系，与用工单位存在劳务用工关系。
委托代缴社保：
- 有些用人单位可能出于管理便利等原因，委托第三方机构代缴社保。在这种情况下，虽然社保缴纳记录显示的是第三方机构，但只要劳动者与用人单位之间存在上述认定劳动关系的实质要件（如劳动合同、工资支付记录、工作管理等），依然可以认定劳动者与用人单位存在劳动关系。
六、结论与建议
综上所述，在书面劳动合同签署主体与社保缴纳主体不一致的情况下，我们应通过综合审查书面证据、考量实际工作情况以及参考其他相关证据来准确判断劳动关系的存在与否。同时，还需注意不同地区法律法规的差异，以确保判断的合法性和准确性。若劳动者在遇到此类问题时，建议及时咨询专业律师或劳动仲裁机构，以维护自身合法权益。