结论前置：针对股东转让协议签完后法定代表人不配合办理手续的问题，可采取以下措施：

1. 核查协议条款与法律规定
   首先，需详细核查股东转让协议中关于手续办理的条款，确认双方的权利义务，尤其是对法定代表人配合义务的具体约定。若协议中明确规定了法定代表人需配合办理相关手续（如工商变更登记），则其不配合行为构成违约。根据《民法典》第五百七十七条，违约方需承担继续履行、采取补救措施或赔偿损失等责任。若协议未明确约定，可依据《公司法》第七十一条（股东转让股权需办理变更登记）及《公司登记管理条例》第三十四条，要求法定代表人履行法定义务。

2. 发送书面催告并留存证据
   若法定代表人无正当理由拒绝配合，建议通过书面形式（如律师函、EMS邮寄）向其发出催告，明确要求其在合理期限内（如15日）完成手续办理，并留存邮寄凭证、签收记录等证据。书面催告的作用在于固定对方违约事实，为后续法律程序提供依据。若法定代表人仍不履行，可进一步采取法律行动。

3. 通过公司内部程序解决
   若法定代表人为公司董事或高管，可依据《公司法》及公司章程，通过股东会或董事会决议免除其职务，并指定新的法定代表人办理手续。具体流程为：召开股东会（需符合章程规定的表决比例），形成免除原法定代表人职务并选举新法定代表人的决议，随后持决议向市场监管部门申请变更登记。此方式需确保程序合法（如提前通知股东、决议内容符合章程），避免因程序瑕疵导致决议无效。

4. 提起民事诉讼或申请强制执行
   若内部程序无法推进，可向法院提起诉讼，要求法定代表人履行配合义务或赔偿损失。诉讼中需提交股东转让协议、催告记录等证据，证明对方违约。若法院判决支持，但法定代表人仍不履行，可申请强制执行，由法院直接向市场监管部门发出协助执行通知书，完成变更登记。此外，若法定代表人行为损害公司或其他股东利益，还可依据《公司法》第一百四十九条主张其承担赔偿责任。

5. 特殊情形处理
   若法定代表人为控股股东或实际控制人，可能通过控制公司公章、营业执照等文件阻碍手续办理。此时，可依据《市场主体登记管理条例》第十六条，向市场监管部门申请“直接办理变更登记”，需提交股东会决议、股权转让协议等材料，并说明法定代表人拒不配合的情况。部分地区市场监管部门可能要求提供法院生效文书或公证文书，需提前与当地部门沟通确认流程。

行动建议：

• 优先通过书面催告和内部程序解决，降低时间成本；
  
• 若内部程序受阻，及时委托律师起草律师函或提起诉讼；
  
• 办理变更登记时，注意留存所有沟通记录和证据，避免因材料缺失导致程序反复。
  

如有进一步细节（如协议具体条款、法定代表人拒不配合的原因等），可随时补充说明，我将为您定制更精准的解决方案。