当公司变更股东时遇到不配合签字的情况，公司可以采取以下措施来应对：
协商沟通：
- 重要性：协商沟通是解决此类问题的首选方式，能够直接了解股东不配合的具体原因，并尝试通过友好协商达成共识。
- 实施方式：公司可以安排与不配合签字的股东进行面对面交流、电话会议或书面函件沟通，明确其顾虑和诉求，如股权转让价格、支付方式、受让方资质等，并尝试通过调整转让条款或给予适当补偿来解决问题。
依据公司章程与法律规定：
- 查阅公司章程：公司章程是公司的“宪法”，其中可能包含关于股权转让的特别规定，如优先购买权、强制收购条款等。公司应仔细查阅章程，确保股权转让符合章程规定。
- 股东会决议：若协商无果，公司可以依法召集股东会，就股权转让及工商变更事项进行表决。根据《公司法》和公司章程，股东会决议需满足一定表决权比例（通常要求过半数同意）。若决议通过，即使部分股东不签字，也可依此办理变更登记。
- 保障优先购买权：对于主张优先购买权的股东，公司需确认其是否在规定时间内和同等条件下行使了该权利。若未按规定行使，则其不签字不影响股权转让。
司法途径：
- 提起诉讼：若协商和公司章程途径均无法解决，公司可以向有管辖权的人民法院提起诉讼，请求判令股东履行配合工商变更登记的义务。在诉讼过程中，公司需提供充分证据证明股权转让的合法性和有效性，如股权转让协议、公司章程、股东会决议等。
- 申请强制执行：若法院判决股东需配合签字但股东仍拒不执行，公司可申请法院强制执行，通过司法手段完成工商变更登记。
行政救济：
- 申请豁免：在特定情况下，公司可以向工商行政管理部门申请豁免股东签字同意的规定。但需注意，这可能涉及时间和费用成本，且成功率因地区和具体情况而异。
- 行政复议或行政诉讼：若工商登记部门以部分股东不签字为由拒绝办理变更登记，而公司认为申请符合法定条件和程序，可申请行政复议或直接提起行政诉讼，维护自身合法权益。
在处理此类问题时，公司还需注意以下事项：
- 材料准备：确保提交的材料真实、准确、完整，包括变更登记申请书、股东会决议、修改后的公司章程、股权转让协议等。
- 税费缴纳：及时履行税务申报和缴纳义务，避免产生税务风险，特别是印花税、个人所得税等。
示例说明：
假设某公司计划进行股权转让，但其中一名股东因对转让价格不满意而拒绝签字。公司可以首先尝试与该股东进行协商沟通，了解其具体诉求，并尝试调整转让价格或给予其他补偿。若协商无果，公司可以依法召集股东会，就股权转让事项进行表决。若股东会决议通过，即使该股东不签字，公司也可依此办理工商变更登记。若该股东仍拒不配合，公司可向法院提起诉讼，请求判令其履行配合义务。
最后，建议公司在处理此类问题时保持冷静和理性，依法依规行事，确保整个过程的合法性与合规性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。