体制内女职工自然流产，一般情况下不会被扣钱。以下从不同角度为您详细分析：
工资支付角度
根据《女职工劳动保护特别规定》等相关法律法规，女职工在孕期、产期、哺乳期内，用人单位不得因女职工怀孕、生育、哺乳降低其工资、予以辞退、与其解除劳动或者聘用合同。自然流产属于女职工在孕期可能遭遇的情况，因此，在女职工自然流产期间，用人单位应当按照原工资标准支付工资，不得扣减。
病假与医疗期角度
如果女职工自然流产后需要休息调养，且医生出具了病假证明，那么女职工可以享受病假待遇。在病假期间，用人单位应当按照病假工资标准支付工资。病假工资标准通常不低于当地最低工资标准的80%，具体比例可能因地区和单位政策而异，但无论如何，都不应低于法定最低标准，更不应直接扣钱。
特殊情况说明
虽然一般情况下女职工自然流产不会被扣钱，但也存在一些特殊情况需要注意：
单位规章制度违法：如果用人单位的规章制度中存在违法条款，如规定女职工自然流产要扣钱，那么这些条款是无效的。女职工有权拒绝执行，并可以向劳动监察部门投诉。
女职工自身过错：如果女职工自然流产是由于自身过错（如故意违反安全规定、从事危险活动等）导致的，且用人单位能够证明这一点，那么用人单位可能会根据内部规章制度对女职工进行一定的处理。但这种情况下的处理应当合法、合理，且不得违反法律法规的强制性规定。
建议与措施
保留证据：如果女职工遭遇了不公正的待遇，如被扣钱等，应当及时保留相关证据，如工资条、病假证明、单位规章制度等。
与单位协商：首先可以尝试与用人单位进行协商，寻求合理的解决方案。
寻求法律援助：如果协商无果，女职工可以向当地的劳动监察部门投诉，或者寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。
总结来说，体制内女职工自然流产一般情况下不会被扣钱。如果遭遇了不公正的待遇，应当及时采取措施维护自己的合法权益。如果您有任何法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。