借3000元但收取1000元担保费的行为是否合法，需分情况讨论：

1. 若担保费被认定为变相利息或“砍头息”：

   • 根据《民法典》及相关司法解释，借款的利息不得预先在本金中扣除。利息预先在本金中扣除的，应当按照实际借款数额返还借款并计算利息。
   • 在此情况下，如果这1000元担保费被视为预先扣除的利息（即“砍头息”），则该行为不合法。因为借款人实际到手的金额是2000元，但按照3000元本金计算利息，这违反了法律规定。

2. 若担保费是独立于借款合同的合法费用：

   • 如果这1000元担保费是借款人为了获得担保服务而支付给担保公司的合理费用，且该费用与借款本金和利息无关，那么这种行为可能是合法的。
   • 但需要注意的是，担保费的收取应当合理，且应当有明确的合同约定。如果担保费过高或没有明确的合同依据，可能会引发法律纠纷。

3. 若担保费涉及高利贷或非法放贷：

   • 如果出借人或担保公司以高额担保费为名，行高利贷之实，即实际年利率超过合同成立时一年期贷款市场报价利率的四倍，那么这种行为是违法的。
   • 根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》，超出部分的利息不予保护，借款人可以请求出借人返还已支付的超过部分的利息。

法律建议：

• 在签订借款合同时，务必仔细阅读合同条款，特别是关于利息、担保费等费用的约定。
• 如果对合同条款有疑问或认为费用不合理，应及时咨询专业律师或法律机构。
• 如果发现出借人或担保公司存在违法行为，如高利贷、非法放贷等，应及时向相关部门举报并寻求法律帮助。

可能后果：

• 如果借款人认为担保费不合法或过高，可以拒绝支付并寻求法律途径解决。
• 如果出借人或担保公司存在违法行为，可能会面临行政处罚或刑事责任。

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