结论：借款5000元收取1000元担保费是否合法，不能一概而论，需结合具体法律规定、合同约定以及担保费的实际性质来判断。以下从不同角度进行分析：
从法律规定角度：
- 根据《中华人民共和国民法典》及相关法律法规，担保费的收取应当遵循公平、自愿、诚实信用的原则，且不得违反法律、行政法规的强制性规定。
- 担保费的收取标准并非由法律统一规定，而是由当事人之间协商确定。但协商确定的担保费应当合理，不得过高或过低，以免损害一方当事人的利益。
- 如果担保费明显过高，可能构成“高利贷”或“变相高利贷”，违反法律关于利率限制的规定（尽管直接针对的是借款利息，但过高的担保费也可能被视为变相提高融资成本，从而受到法律规制）。不过，具体是否构成高利贷或变相高利贷，需结合借款利率、担保费率以及借款期限等因素综合判断。
从合同约定角度：
- 如果借款合同中明确约定了担保费的收取标准和方式，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么双方应当按照合同约定履行。
- 但如果合同中的担保费条款存在显失公平、欺诈、胁迫等情形，受损害方有权请求人民法院或仲裁机构变更或撤销该条款。
从担保费实际性质角度：
- 担保费通常被视为对担保人提供担保服务的一种补偿。如果担保人确实提供了担保服务，且担保费的收取与担保服务的价值相当，那么收取担保费是合理的。
- 但如果担保人并未实际提供担保服务，或者担保费的收取远高于担保服务的价值，那么这种收费行为可能缺乏合法性依据。
具体分析：
- 在您的情况下，借款5000元收取1000元担保费，相当于担保费率为20%（1000/5000）。这个费率是否合理，需结合当地的市场行情、担保人的服务内容以及借款期限等因素来判断。
- 如果当地市场行情中担保费率普遍较高，且担保人提供了实质性的担保服务（如提供房产抵押、车辆抵押等），那么这个费率可能是合理的。
- 但如果当地市场行情中担保费率较低，或者担保人仅提供了形式上的担保服务（如仅提供信用担保而未提供任何实物抵押），那么这个费率可能过高，缺乏合法性依据。
建议：
- 如果您认为担保费过高或不合理，可以与担保人协商降低担保费率或调整担保方式。
- 如果协商无果，您可以咨询专业律师（即我，郑玉强律师，专注于刑事辩护、经济纠纷领域），了解您的法律权益和可能的救济途径。
- 在签订借款合同时，务必仔细阅读合同条款，特别是关于担保费的约定，确保自己的权益不受损害。
计算公式（如用于判断担保费是否过高）：
- 担保费率 = 担保费 / 借款金额
- 在您的情况下，担保费率 = 1000 / 5000 = 20%
- 您可以将此费率与当地市场行情、类似案例中的担保费率进行比较，以判断其是否合理。