核心结论：在工资按包年计算，但最后一个月仅工作12天的情况下，工资的计算方式需依据劳动合同的具体约定、公司规章制度以及相关法律法规来综合确定。以下分情况详细说明：
劳动合同有明确约定：
- 如果劳动合同中明确规定了包年工资的计算方式，包括在未满勤情况下的工资支付标准（如按日折算、按比例支付等），则应按照合同约定执行。
- 例如，合同可能规定，若员工在最后一个月未满勤，则工资按实际工作天数与应工作天数的比例支付。在此情况下，若应工作天数为22天（假设一个月工作22天），实际工作12天，则工资应为包年工资总额除以12个月，再乘以实际工作月份（若不足一月则按比例，如12/22）来计算。
劳动合同无明确约定，但公司有规章制度：
- 若劳动合同未对包年工资在未满勤情况下的支付作出明确规定，但公司有相关的规章制度，且该制度不违反法律法规的强制性规定，则可按照公司制度执行。
- 公司制度可能规定，对于包年工资的员工，在最后一个月未满勤时，工资按实际出勤天数计算，或者给予一定的固定补贴等。
劳动合同和公司制度均无明确规定：
- 在劳动合同和公司制度均未对包年工资在未满勤情况下的支付作出明确规定的情况下，应依据《中华人民共和国劳动法》及相关规定来处理。
- 根据《劳动法》的规定，劳动者提供了正常劳动，用人单位应当按照劳动合同约定的工资标准支付工资。若劳动合同未约定或约定不明确，则应参照本单位同岗位劳动者或者集体合同规定的标准支付。
- 在此情况下，若员工在最后一个月提供了正常劳动（即使天数较少），用人单位仍应支付相应的工资。具体数额可由双方协商确定，或参照同岗位劳动者的工资标准进行支付。若协商不成，员工可通过劳动争议调解仲裁机构或法院来解决争议。
建议：
- 在处理此类问题时，建议员工首先查阅劳动合同和公司规章制度，了解其中关于工资支付的具体规定。
- 若合同和制度均无明确规定，或规定存在争议，建议员工与用人单位进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
- 若协商不成，员工可向当地劳动争议调解仲裁机构申请调解或仲裁，或直接向法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。