在员工不认可绩效考核结果的情况下，公司是否可以扣除绩效工资需视具体情况而定。以下是对此问题的全面分析：
可以扣除绩效工资的情形
劳动合同或规章制度有明确规定：
- 如果员工与公司签订的劳动合同中，或公司依法制定并公示的规章制度中，明确规定了绩效考核的标准、流程以及绩效工资与考核结果的对应关系，且这些规定合理合法，那么在员工未达到绩效考核标准时，公司可以按照约定扣除相应的绩效工资。但前提是，这些规定需经过民主程序制定，并向员工公示或告知，确保员工知悉并同意。
考核程序公正合理：
- 绩效考核程序应确保标准清晰、过程客观公正，并有充分的证据支撑考核结果。如果考核过程公正透明，员工因个人原因导致绩效评估未能达到公司设定的标准，公司可以基于客观的绩效评估体系和流程，扣除相应的绩效工资。
不可以扣除绩效工资的情形
缺乏合法依据：
- 如果劳动合同和规章制度中没有关于绩效工资扣除的规定，或者公司的规定未依法经过民主程序制定和公示，员工不认可考核结果时，公司不得随意扣除员工的绩效工资。
考核程序存在问题：
- 如果绩效考核程序存在严重问题，如标准模糊不清、过程缺乏客观公正性、结果未有效反馈给员工等，导致考核结果不具有可信度，那么公司基于这样的考核结果扣除绩效工资是不合法的。即使员工不认可考核结果，公司也无权扣除。
变相克扣工资：
- 公司不得以不合理的借口频繁扣除绩效工资，导致员工实际收入大幅降低，从而损害员工的基本权益。这种行为被视为变相克扣工资，是违法的。
员工不认可考核结果时的应对措施
- 沟通协商：员工若认为公司扣绩效工资不合理，可先与公司进行沟通协商，要求其说明扣工资的依据和理由。
- 投诉与仲裁：若协商不成，员工有权向劳动监察部门投诉，由劳动监察部门责令公司改正，退还克扣的工资。员工也可以申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益，要求公司支付克扣的绩效工资及相应赔偿。
公司的义务与法律责任
- 提供解释和说明：在扣除绩效工资后，公司应向员工提供详细的解释和说明，包括扣除的原因、依据以及扣款的具体金额等，确保员工充分了解扣除情况。
- 面对法律后果：如果公司违法扣除员工的绩效工资，将面临严重的法律后果。劳动行政部门将责令公司支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可能责令支付赔偿金。同时，公司的声誉和信誉也将受到严重影响。
建议：公司在制定绩效考核制度和扣除绩效工资时，应确保行为符合法律法规的要求，并尊重员工的合法权益。员工也应了解自己的权益和义务，在必要时采取合适的措施来保护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。