结论前置：扣员工的工资做绩效是否合法，取决于用人单位是否遵循了合法、合理、公正、透明的原则，并履行了相应的告知义务。若满足这些条件，则扣工资行为可能是合法的；反之，则可能违法。
合法情况
制度合法合规且内容明确合理：
- 用人单位在制定绩效考核制度时，应遵守《劳动合同法》第四条的规定，经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。制度内容应明确、具体，包括绩效考核的标准、流程、扣减工资的条件和幅度等，且不与法律法规相抵触。
- 例如，公司可以规定销售人员需完成特定销售业绩才能获得全额绩效工资，且这一规定已在员工入职时通过员工手册等方式明确告知。若员工未完成业绩，公司按照制度扣减绩效工资，则是合法的。
劳动合同中有明确约定：
- 劳动合同中应明确约定绩效工资的数额、发放条件及扣减办法。员工在签署合同时应知晓并同意这些条款。
- 如合同中规定，若员工未完成某项关键任务，将扣减相应绩效工资，那么当员工确实未完成任务时，扣减行为是合法的。
扣除比例合法：
- 根据《工资支付暂行规定》，因员工本人原因给用人单位造成经济损失的，可从其工资中扣除赔偿，但每月扣除部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。这一规定同样适用于绩效工资的扣减。
不合法情况
制度缺乏民主程序或未告知员工：
- 若绩效考核制度的制定未经职工代表大会或全体职工讨论、协商等民主程序，或者虽然制定了制度但未向员工公示或告知，则该制度可能不具有合法性，扣减工资行为也可能违法。
标准不明确、不合理或考核过程不公正：
- 考核标准模糊不清、难以量化，或与员工实际工作严重脱节；考核标准过高，员工无论如何努力都无法达到；考核过程中存在主观随意性、偏见、歧视等情况；故意设置障碍使员工无法通过考核。在这些情况下，扣减工资行为可能违法。
恶意扣减或以扣绩效工资方式规避法律责任：
- 用人单位不得以恶意扣减绩效工资的方式惩罚员工或强迫员工离职。同时，公司也不能通过不合理扣减绩效工资的方式来规避支付加班工资、经济补偿等法律责任。这种行为不仅违法，还会严重损害公司的声誉和员工的利益。
员工权益维护
若员工认为用人单位扣减绩效工资的行为不合法或存在争议，可采取以下措施维护自身权益：
与用人单位协商解决：首先尝试与用人单位沟通，了解扣减原因和依据，并表达个人意见和诉求。
向劳动监察部门投诉：如协商无果，可向当地劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。
申请劳动仲裁：如投诉仍无法解决问题，劳动者可依法向劳动仲裁机构申请仲裁，通过法律途径维护自己的权益。
总结与建议：扣员工的工资做绩效是否合法，关键在于用人单位是否遵循了合法、合理、公正、透明的原则，并履行了相应的告知义务。作为员工，在签署劳动合同时应仔细审阅相关条款，了解自己的权益和义务；在遇到扣减工资问题时，应积极与用人单位沟通协商，必要时寻求法律援助以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。