员工违约不按合同离职，合法约定赔偿的方式主要依据劳动合同中的相关条款以及实际损失情况来确定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、合同有明确约定的情况
违约金条款：
- 如果劳动合同中明确规定了员工违约离职的违约金数额或计算方式，那么员工在违约离职时，通常需要按照合同约定支付违约金。
- 例如，合同可能规定，员工在服务期内提前离职，需支付一定数额的违约金，或者按照剩余服务期的比例支付违约金。
赔偿损失条款：
- 除了违约金外，合同还可能规定员工需赔偿因违约离职给用人单位造成的直接经济损失。
- 这包括但不限于招聘替代者的费用、培训费用损失、项目停滞产生的额外费用等。
二、合同无明确约定的情况
实际损失原则：
- 如果劳动合同中没有明确规定违约离职的赔偿条款，那么员工通常需要赔偿用人单位因违约离职而产生的直接经济损失。
- 这种情况下，赔偿金额的确定需要依据用人单位的实际损失情况，以及员工的过错程度等因素。
赔偿范围的确定：
- 根据《违反劳动法有关劳动合同规定的赔偿办法》的相关规定，员工违约离职应赔偿用人单位的损失包括：招收录用其所支付的费用、为其支付的培训费用（双方另有约定的按约定办理）、对生产、经营和工作造成的直接经济损失，以及劳动合同约定的其他赔偿费用。
- 例如，如果员工在未经允许的情况下离职，导致用人单位需要紧急招聘替代者，并支付了额外的招聘费用，那么这部分费用就应由员工承担。
三、赔偿金额的确定方式
协商确定：
- 在发生员工违约离职的情况下，用人单位和员工可以首先尝试通过协商来确定赔偿金额。
- 协商过程中，双方可以就实际损失情况、员工的过错程度、合同履行情况等因素进行综合考虑，以达成一个双方都能接受的赔偿方案。
劳动仲裁或诉讼：
- 如果双方无法就赔偿金额达成一致，那么用人单位可以向劳动仲裁机构申请仲裁，或者向人民法院提起诉讼。
- 在仲裁或诉讼过程中，仲裁机构或法院将依据相关法律法规和实际情况，对赔偿金额进行裁决。
四、注意事项
违约金的合理性：
- 如果劳动合同中约定的违约金数额过高或过低，员工或用人单位可以请求法院或仲裁机构进行调整。
- 法院或仲裁机构在调整违约金数额时，通常会结合案件具体情况，以平衡双方利益为出发点，根据公平原则和诚实信用原则来判定合理的赔偿金额。
用人单位的举证责任：
- 在主张赔偿损失时，用人单位需要承担举证责任，即提供充分的证据证明其因员工违约离职而遭受了实际损失。
- 因此，用人单位在平时应做好相关证据的收集和保存工作，以便在需要时能够提供有力的证据支持其主张。
举例说明：假设某员工与用人单位签订了一份为期三年的劳动合同，合同中明确规定了如果员工在服务期内提前离职，需支付剩余服务期比例的违约金。后来，该员工在服务期满前一年未经允许离职，导致用人单位需要紧急招聘替代者，并支付了额外的招聘费用和培训费用。在这种情况下，员工不仅需要按照合同约定支付违约金，还需要赔偿用人单位因招聘替代者和培训新员工而产生的额外费用。
总结与建议：员工违约不按合同离职时，合法约定赔偿的方式主要依据劳动合同中的相关条款以及实际损失情况来确定。在处理此类纠纷时，建议双方首先尝试通过协商来解决争议；如果协商无果，则可以寻求劳动仲裁或诉讼等法律途径来解决。如果您在此方面还有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。