公司缴纳的社保确实能在一定程度上证明公司的合法性，但更准确地说，它主要证明的是公司与员工之间存在合法的劳动关系。以下是对这一问题的详细解答：

一、社保缴纳与劳动关系的法律联系

根据我国《中华人民共和国劳动法》第七十二条的规定，用人单位和劳动者必须依法参加社会保险，缴纳社会保险费。这是用人单位的法定义务，也是保障员工权益的重要措施。社保缴费记录的存在，本身就暗示了用人单位与员工之间建立了劳动关系。

进一步地，《关于确立劳动关系有关事项的通知》（劳社部发〔2005〕12号）也明确指出，在认定劳动关系时，可以参照包括社保缴费记录在内的多项凭证。这表明，在缺乏其他直接证据（如劳动合同）的情况下，社保缴费记录可以作为认定劳动关系的重要依据。

二、社保缴纳记录的法律效力

社保缴费记录具有法律效力，能够证实公司与员工之间的劳动关系。当双方对是否存在劳动关系发生争议时，社保缴费记录可以作为有力的法律证据来支持员工的主张。此外，如果员工需要证明自己在某单位的工作经历，也可以前往当地社保机构打印缴费记录，并提交给法院或其他相关机构。

三、社保缴纳与公司合法性的关系

虽然社保缴纳记录主要证明的是劳动关系，但间接地，它也反映了公司的合法性和规范性。一个合法经营的公司，必然会遵守国家法律法规，为员工缴纳社会保险。因此，如果一家公司能够按时、足额地为员工缴纳社保，那么这在一定程度上可以说明该公司是合法经营的。

然而，需要注意的是，社保缴纳记录并不是证明公司合法性的唯一或决定性因素。公司的合法性还需要考虑其他多个方面，如是否依法注册、是否遵守税收法规、是否遵守劳动法规等。

四、实际应用中的注意事项

在实际应用中，社保缴费记录通常与其他证据（如劳动合同、工资支付记录、工作证、考勤记录等）一起使用，以形成完整的证据链，更全面地证明劳动关系的存在。同时，对于员工来说，如果发现公司未依法缴纳社保，可以向当地社保机构投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。

综上所述，公司缴纳的社保主要证明的是公司与员工之间存在合法的劳动关系，而间接地也反映了公司的合法性和规范性。但要全面评估公司的合法性，还需要考虑其他多个方面的因素。