公司代替职工缴纳个人社保费的行为不合法。以下从不同角度为你详细分析：
从法律规定的角度
根据《社会保险法》第六十条，职工应当缴纳的社会保险费由用人单位代扣代缴，用人单位应当按月将缴纳社会保险费的明细情况告知本人。这里明确的是“代扣代缴”，即公司可以从职工工资中扣除个人应缴纳的部分，然后统一缴纳给社保机构，但不能直接代替职工承担个人应缴纳的社保费用。因为社保费用分为单位缴纳部分和个人缴纳部分，个人缴纳部分属于职工个人应尽的法定义务，公司无权免除或代替承担。
从税务和财务合规的角度
如果公司代替职工缴纳个人社保费，在税务和财务处理上会面临问题。个人社保费属于职工个人收入的一部分（虽然是以社保形式体现），公司代替缴纳相当于额外支付了一笔费用给职工，但这笔费用没有通过正常的工资发放和个税申报流程处理，可能导致公司财务账目不清晰，同时也可能影响职工的个人所得税计算和缴纳。例如，职工个人应缴纳的社保费在计算个人所得税时是可以扣除的，但如果公司代替缴纳，这部分扣除就无法正常体现，可能引发税务风险。
从劳动关系的角度
这种行为可能影响劳动关系的稳定性。如果公司长期代替职工缴纳个人社保费，可能会让职工产生误解，认为这是公司的一种福利或额外待遇。一旦公司停止这种行为，可能会引发职工的不满和纠纷。而且，这种行为也可能掩盖了公司其他可能存在的劳动用工问题，比如未按照实际工资水平为职工缴纳社保等。
建议：公司应严格按照法律规定，代扣代缴职工个人应缴纳的社保费，并及时告知职工缴纳明细情况。如果职工对社保缴纳有疑问或异议，公司应积极沟通解释，避免因此引发不必要的法律纠纷。如果你还有其他关于社保或劳动用工方面的法律问题，可以直接向我咨询。