三方协议实习期内离职是否需要缴纳违约金，需根据协议中的具体条款及法律法规来判断。以下是对此问题的详细分析：
一. 三方协议的性质与法律效力
性质：三方协议是毕业生、用人单位和学校之间签订的，用于明确各方在毕业生就业工作中的权利和义务的协议。它并非正式的劳动合同，但具有一定的法律约束力。
法律效力：三方协议的法律效力主要体现在其约定的内容是否合法，以及各方是否按照协议履行义务。如果协议内容违法或各方未履行协议，将可能承担相应的法律责任。
二. 违约金的约定与法律规定
约定优先：根据《中华人民共和国合同法》的相关规定，合同双方可以约定违约金作为违约责任的承担方式。因此，如果三方协议中明确约定了实习期离职需支付违约金，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么毕业生在离职时可能需要支付违约金。
法律规定限制：然而，根据《中华人民共和国劳动合同法》等劳动法律法规，除非存在特定的法定情形（如服务期约定、竞业限制等），否则用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。因此，三方协议中的违约金条款可能受到劳动法律法规的限制。
三. 实习期内离职是否需缴纳违约金的具体分析
查看协议条款：首先，应仔细审查三方协议中关于实习期离职及违约金的具体条款。如果协议中明确规定了离职需支付违约金，且该条款合法有效（即不违反法律法规的强制性规定），那么毕业生在离职时可能需要按照约定支付违约金。
考虑实际情况与法律规定：其次，需要考虑实际情况及法律规定。如果毕业生离职的原因合理（如个人发展、家庭原因等），或者用人单位存在过错（如未提供约定的实习条件、拖欠工资等），那么毕业生可能无需支付违约金。此外，如果协议中的违约金条款违反劳动法律法规的强制性规定，那么该条款无效，毕业生也无需支付违约金。
协商与寻求帮助：最后，建议毕业生在离职前与用人单位进行友好协商，明确双方的权利和义务。如果无法达成一致意见，可以寻求学校就业指导中心的帮助或咨询律师的意见。
四. 特殊情况下的处理
无违约金约定或约定不明确：如果三方协议中没有明确约定违约金条款，或者约定不明确、不合法，那么毕业生在实习期内离职时无需支付违约金。
用人单位过错导致离职：如果用人单位存在过错导致毕业生离职，如未提供约定的实习条件、拖欠工资等，毕业生不仅无需支付违约金，还可以要求用人单位承担相应的法律责任。
综上所述，三方协议实习期内离职是否需要缴纳违约金，需根据协议中的具体条款、法律法规以及实际情况来判断。我建议毕业生在离职前仔细审查协议条款，与用人单位进行友好协商，并寻求必要的法律帮助。如有进一步需要，您可以继续咨询我。