劳动者严重违纪并与用人单位协商按照劳动合同法有关规定解除劳动合同，不算被单位单方面解除劳动合同。以下是对此问题的详细分析：

一、法律定义与区别

1. 单方面解除劳动合同：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，单方面解除劳动合同通常指的是用人单位或劳动者在没有与对方协商一致的情况下，依据法律规定的情形，单方面决定解除劳动合同的行为。例如，用人单位因劳动者严重违反规章制度而单方面解除劳动合同，或者劳动者因用人单位未及时足额支付劳动报酬而单方面解除劳动合同。

2. 协商解除劳动合同：协商解除劳动合同则是指用人单位与劳动者在平等自愿、协商一致的基础上，达成解除劳动合同的协议。这种情形下，双方均参与了决策过程，并就解除劳动合同的相关事宜达成了共识。

二、具体情形分析

在您所描述的情形中，劳动者因严重违纪而与用人单位协商按照劳动合同法有关规定解除劳动合同。这一过程中，双方进行了协商，并就解除劳动合同达成了共识。因此，这一情形并不符合单方面解除劳动合同的定义。

三、法律后果与注意事项

1. 法律后果：协商解除劳动合同后，用人单位应当按照法律规定向劳动者支付经济补偿（如果符合支付经济补偿的条件）。同时，双方应当办理离职手续，包括工作交接、社保关系转移等。

2. 注意事项：

   • 协商过程：双方在协商过程中应当保持平等自愿、协商一致的原则，不得存在欺诈、胁迫等情形。
   • 书面协议：为了保障双方的权益，建议双方签订书面的解除劳动合同协议，明确解除劳动合同的原因、时间、经济补偿等事项。
   • 遵守法律：在协商解除劳动合同的过程中，双方应当遵守相关法律法规的规定，不得违反法律强制性规定。

四、特殊情况说明

如果劳动者严重违纪但用人单位并未与其协商，而是直接依据规章制度单方面解除劳动合同，那么这一情形就属于单方面解除劳动合同。在这种情况下，劳动者如果认为用人单位的解除行为违法，可以依法申请劳动仲裁或提起诉讼来维护自己的权益。

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