可以起诉。针对物流公司经理收取客户运费不交给公司这一行为，我们可以从以下几个角度进行详细分析：

一、法律关系分析

1. 职务行为与个人行为：

   • 如果物流公司经理收取运费是其职务行为的一部分，即其有权代表公司收取运费，那么其未将运费交给公司可能构成职务侵占或挪用资金等违法行为。
   • 如果物流公司经理收取运费并非其职务行为，而是个人行为，那么其可能构成诈骗或其他违法行为，具体取决于其收取运费时的意图和后续行为。

2. 公司权益受损：

   • 无论物流公司经理的行为是职务行为还是个人行为，只要其未将收取的运费交给公司，就导致了公司权益的受损。公司有权要求经理返还运费，并可能追究其法律责任。

二、法律责任分析

1. 民事责任：

   • 物流公司经理未将收取的运费交给公司，违反了其与公司之间的职务约定或合同义务，应承担民事责任，包括返还运费、赔偿损失等。

2. 刑事责任：

   • 如果物流公司经理的行为构成职务侵占或挪用资金等违法行为，且数额较大，可能面临刑事责任的追究。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，职务侵占或挪用资金数额较大的，可能处以有期徒刑、拘役或罚金等刑罚。

三、起诉建议

1. 收集证据：

   • 在起诉前，公司应收集相关证据，包括运费收取凭证、经理未交运费的证明、公司损失的计算等，以证明经理的违法行为和公司的损失。

2. 选择起诉途径：

   • 公司可以选择向法院提起民事诉讼，要求经理返还运费并赔偿损失。
   • 如果经理的行为涉嫌犯罪，公司还可以向公安机关报案，要求追究其刑事责任。

3. 咨询专业律师：

   • 在起诉前，公司应咨询专业律师，了解相关法律规定和诉讼程序，以确保起诉的合法性和有效性。作为专业律师，我可以为你提供详细的法律咨询和诉讼指导。

四、后续行动建议

1. 加强内部管理：

   • 公司应加强内部管理，完善运费收取和交接制度，防止类似事件再次发生。

2. 追究相关责任：

   • 除了追究经理的法律责任外，公司还应考虑追究其他相关责任人的责任，如财务人员、监督人员等，以全面维护公司权益。

总结：物流公司经理收取客户运费不交给公司，公司有权起诉其要求返还运费并赔偿损失。在起诉前，公司应收集相关证据，选择合适的起诉途径，并咨询专业律师以确保起诉的合法性和有效性。同时，公司还应加强内部管理，追究相关责任人的责任，以全面维护公司权益。如果你有任何法律问题或需要进一步的法律咨询，可以直接向我提问。