公司因效益不好扣绩效工资是否合法，主要取决于劳动合同、公司内部规章制度的具体内容以及相关法律法规的规定。以下是对此问题的详细分析：
一、不合法的情况
缺乏规章制度依据或劳动合同约定：
- 根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，应经职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。若公司未通过民主程序制定相关规章制度，或劳动合同中未明确约定公司可因效益不好扣绩效工资，则扣减行为不合法。
- 实例：如某公司未经员工大会讨论或未与工会协商，直接宣布扣除全体员工绩效工资，此行为违反法律规定。
缺乏客观考核依据：
- 绩效工资的发放应与员工的工作表现、业绩等因素相关。若公司未建立科学合理的绩效考核制度，或未对员工进行客观考核，仅以公司效益不好为由扣绩效工资，同样不合法。
- 实例：如某公司无明确绩效考核标准和流程，仅口头告知员工因公司效益差要扣绩效工资，却无法提供相关证据，此行为不符合法律要求。
违反最低工资标准：
- 在任何情况下，员工的工资都不得低于当地的最低工资标准。若扣减绩效工资后导致员工工资低于该标准，则扣减行为不合法。
二、合法的情况
有合法有效的规章制度：
- 若公司依据合法的民主程序制定了规章制度，并明确规定在公司效益不好的情况下可以扣减绩效工资，且已将该制度告知员工，则扣减行为可能合法。
- 实例：如某大型制造企业通过职工代表大会讨论并通过了相关规章制度，并在公司内部进行了公示和培训，员工也已知悉。当公司实际出现符合该规定的情况时，按照制度扣绩效工资就具有一定的合法性。
劳动合同有相关约定：
- 若劳动合同中明确约定了公司在效益不好时有权按照一定方式扣减绩效工资，且该约定不违反法律法规的强制性规定，则公司按照合同约定扣绩效工资是合法的。
- 实例：如某员工与公司签订的劳动合同中约定，若公司年度销售额未达到预定目标，公司有权降低员工的绩效工资。当公司年度销售额未达标时，公司按照合同约定扣减员工绩效工资，此做法合法。
三、员工权益保护与维权途径
了解合同与制度：员工应详细阅读并了解自己的劳动合同和公司规章制度，特别是关于绩效工资的约定和考核标准，以便在权益受到侵害时能够及时识别并采取措施。
与公司协商：若认为公司扣发绩效工资不合法或不合理，员工首先可以尝试与公司进行友好沟通，说明情况并要求公司按照原工资标准支付绩效工资。
向劳动行政部门投诉：如果协商无果，员工可以向当地劳动行政部门投诉，请求其介入调查并责令公司补发工资。
申请劳动仲裁或提起诉讼：员工还可以选择向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司支付被扣发的绩效工资并可能获得赔偿。在必要时，甚至可以直接向人民法院提起诉讼来维护自己的合法权益。
总结：公司因效益不好扣绩效工资是否合法，需综合考虑劳动合同、公司内部规章制度的具体内容以及相关法律法规的规定。在判断时，应重点关注合同或制度中是否有明确且合法的约定、是否有客观考核依据以及扣减后工资是否低于最低工资标准等关键因素。若遇到此类问题，建议员工先与公司协商解决，若协商无果，再考虑通过法律途径维护自己的权益。