结论：工伤做笔录时治疗还没结束，不会影响工伤认定和后续赔偿流程，但需注意保留治疗资料、及时申请劳动能力鉴定，并留意时间限制。以下是具体分析：

一、治疗未结束不影响工伤认定和笔录效力

工伤认定主要依据事故发生时的客观事实（如工作时间、地点、受伤原因等），治疗是否结束不影响工伤性质的认定。做笔录时，劳动部门或调查人员会记录事故经过、受伤情况等关键信息，这些信息是认定工伤的基础。即使治疗未结束，只要笔录内容真实反映了事故情况，就不会影响工伤认定的效力。

二、治疗未结束时用人单位的义务

根据《工伤保险条例》，用人单位有义务保障工伤职工持续接受治疗。如果治疗还未结束，用人单位不能以治疗时间过长为由拒绝支付后续治疗费用。职工有权要求用人单位按规定支付治疗期间的各项费用，直至治疗结束。若用人单位拒绝支付，职工可通过劳动争议仲裁等法律途径解决。

举例：小朱在工作中受伤被认定为工伤，治疗过程中病情未稳定，无法进行劳动能力鉴定。用人单位以治疗时间过长为由拒绝支付后续治疗费用，但小朱保留了相关病历、诊断证明和费用票据等资料。根据规定，用人单位的行为违反了义务，小朱有权要求用人单位支付费用，并可通过劳动争议仲裁解决纠纷。

三、治疗未结束时劳动能力鉴定的申请

如果因为治疗未完成无法马上进行劳动能力鉴定，职工不用着急。可以等病情相对稳定之后，及时向劳动能力鉴定委员会提交申请。劳动能力鉴定是确定工伤赔偿标准的重要依据，但并非工伤认定的前提条件。因此，治疗未结束不会影响工伤认定的进行，但会影响赔偿金额的确定（需待鉴定后明确伤残等级）。

四、治疗期间需保留的资料

在治疗期间，职工要积极配合医生治疗，并保存好相关的病历、诊断证明、费用票据等资料。这些资料是后续处理工伤问题（如申请工伤赔偿、劳动能力鉴定等）的重要凭证。如果丢失或未保留，可能会影响工伤赔偿的申请和审批。

法律建议：

1. 保留资料：务必妥善保管所有治疗相关的病历、诊断证明、费用票据等资料，建议按时间顺序整理并复印备份。
2. 及时申请鉴定：病情稳定后，尽快向劳动能力鉴定委员会提交申请，避免超期。
3. 留意时间限制：关注工伤认定和劳动能力鉴定的时间限制（如工伤认定需在事故发生后30日内提出申请，特殊情况可延长），避免因疏忽影响权益。

五、可能面临的法律后果及应对

如果用人单位拒绝支付后续治疗费用或拖延处理工伤问题，职工可通过以下途径维权：

1. 向劳动监察部门投诉：要求用人单位履行义务。
2. 申请劳动争议仲裁：如果投诉无果，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位支付治疗费用、工伤赔偿等。
3. 提起诉讼：对仲裁结果不服的，可向法院提起诉讼。

最后提醒：工伤处理涉及多个环节和时间限制，建议职工在治疗期间保持与用人单位的沟通，并咨询专业律师（如我）以确保权益得到保障。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我提问。