结论是：残疾人老员工在公司干了16年一直给低分绩效，这一行为是否合法，需结合具体情况分析，不能直接判定为违法或合法。以下从不同角度进行详细分析：
一、从劳动合同和公司规章制度的角度
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确约定了绩效评估的标准和方式，且公司一直按照该标准进行评估，那么给低分绩效可能是合法的，前提是这些标准本身不违反法律法规，且评估过程公正、透明。
- 如果劳动合同中没有明确约定绩效评估的标准，或者约定不明确，那么公司单方面给低分绩效可能缺乏合同依据，存在不合法性。
公司规章制度：
- 公司规章制度中如果规定了绩效评估的具体标准和流程，且这些规定不违反法律法规，员工也知晓并同意这些规定，那么公司按照规章制度给低分绩效可能是合法的。
- 如果公司规章制度中的绩效评估规定存在违法或不合理之处，或者员工对规章制度不知情或不同意，那么公司给低分绩效可能不合法。
二、从反歧视和劳动权益保护的角度
反歧视原则：
- 根据《劳动法》和《残疾人保障法》等相关法律法规，用人单位不得因残疾而歧视劳动者，包括在绩效评估、晋升、薪酬等方面。
- 如果公司给低分绩效是基于员工的残疾身份，而非其工作表现，那么这一行为可能构成歧视，是不合法的。
劳动权益保护：
- 劳动者有权获得公正的绩效评估和相应的劳动报酬。如果公司一直给低分绩效，导致员工劳动报酬降低或职业发展受阻，且没有合理的解释和依据，那么这一行为可能侵犯了员工的劳动权益，是不合法的。
三、从实际操作和证据收集的角度
实际操作：
- 员工可以与公司沟通，了解给低分绩效的具体原因和依据。如果公司无法提供合理的解释和依据，或者解释和依据存在违法或不合理之处，员工可以进一步采取措施维护自己的权益。
证据收集：
- 员工可以收集相关证据，如绩效评估表、公司规章制度、劳动合同等，以证明公司给低分绩效的行为是否合法。如果证据充分，员工可以通过法律途径维护自己的权益。
建议
- 与公司沟通：首先尝试与公司进行友好沟通，了解给低分绩效的具体原因和依据，寻求解决方案。
- 收集证据：如果沟通无果，收集相关证据以备后续维权之需。
- 寻求法律援助：如果认为公司给低分绩效的行为不合法，且无法通过沟通解决，可以寻求法律援助或向劳动监察部门投诉。
最后需要强调的是，每个案件的具体情况都有所不同，因此无法直接给出“合法”或“不合法”的绝对结论。如果您作为残疾人老员工遇到了类似的问题，建议直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。