在老人不识字但签署了房产归属协议的情况下，该协议是否有效需视具体情况而定。以下是从不同角度进行的分析：
老人具备完全民事行为能力且意思表示真实：
- 如果老人虽然不识字，但具备完全民事行为能力（即能够清晰表达自己的意愿，理解并接受协议的内容），且其签署协议是基于真实的意思表示，没有受到欺诈、胁迫等违背真实意愿的情况，那么该协议是有效的。
- 在实际操作中，可以通过按手印、盖章或由他人根据其口述代书并经其确认等方式来完成签署过程，以证明老人的真实意愿。例如，老人可以明确表达自己愿意将房子归你所有，并在旁人见证下按手印确认，这样的协议是具有法律效力的。
老人对协议内容存在重大误解或签署时受到欺诈、胁迫：
- 如果老人因为不识字而对协议内容存在重大误解，或者签署协议是在受到欺诈、胁迫等违背真实意思的情况下作出的，那么该协议的效力可能会受到影响。
- 例如，如果有人故意隐瞒协议中的重要条款，诱导不识字的老人签署，老人在知晓真实情况后，有权依法申请撤销该协议。
为了确保协议的有效性，建议采取以下措施：
- 录音录像：在签署协议的过程中，可以采取录音、录像等方式记录老人的意愿表达和签署过程，以进一步证明协议的真实性与有效性。
- 见证人：邀请无利害关系的第三人作为见证人，见证老人签署协议的过程，并出具书面见证意见。
- 法律咨询：在签署协议前，最好咨询专业律师的意见，确保协议的内容合法、有效，并符合老人的真实意愿。
若协议被认定无效，可能产生的法律后果：
- 如果协议被认定无效，那么房产的归属将可能恢复到协议签署前的状态，即按照法定继承或相关法律规定进行处理。
- 此外，如果因协议无效导致一方遭受损失，受损方有权要求过错方承担赔偿责任。
特殊情况说明：
- 如果老人在签署协议后去世，且协议被认定无效，那么房产的归属将可能引发继承纠纷。此时，需要依据相关法律规定和老人的遗嘱（如果有）来确定房产的归属。
综上所述，老人不识字但签署了房产归属协议的情况下，该协议是否有效需根据老人的民事行为能力、意思表示是否真实以及是否存在欺诈、胁迫等因素来综合判断。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。