当公司提起行政诉讼要求撤销工伤认定时，作为员工，你可以采取以下步骤来维护自己的合法权益：

一、全面收集证据

首先，你需要全面收集与工伤认定相关的所有证据，这些证据应能充分证明工伤事实的存在以及工伤认定的合法性和合理性。具体包括：

1. 劳动关系证明：如劳动合同、工作证、工资条等，用以证明你与公司之间存在劳动关系。
2. 医疗诊断证明：包括医院出具的病历、诊断书、医疗费用发票等，用以证明你因工作原因受伤的事实以及受伤的程度。
3. 事故现场证据：如事故现场的照片、视频、工友证言等，用以还原事故发生的经过和原因。

二、深入研究法律规定

仔细研究《工伤保险条例》等相关法律法规，明确工伤认定的标准和程序。了解公司提起行政诉讼撤销工伤认定的法律依据是否充分，以及你作为员工在法律上的权利和义务。这有助于你在诉讼过程中更好地维护自己的权益。

三、积极参与诉讼

1. 按时参加庭审：确保你能够按时参加法院组织的庭审活动，以便在法庭上清晰、准确地阐述工伤认定的事实和法律依据。
2. 有力反驳原告观点：针对公司提出的撤销工伤认定的理由和证据，进行有力反驳。你可以从事实清楚、程序合法、法律依据充分等方面入手，维护工伤认定的合法性和公正性。
3. 考虑和解可能：如果在诉讼过程中发现工伤认定确实存在一定问题，或者公司提出的撤销理由有一定合理性，你可以考虑与公司进行和解。通过协商达成双方都能接受的解决方案，避免进一步的法律纠纷和资源浪费。

四、遵循法院判决

如果法院最终判决撤销工伤认定，你应依法执行判决结果。同时，你可以总结经验教训，考虑是否需要再次提出工伤认定申请。如果工伤认定被最终撤销，但你认为自己确实因工作原因受伤，你可以依据《工伤保险条例》等相关法律法规，收集劳动关系证明、医疗诊断证明等证据，自行向劳动保障行政部门再次提出工伤认定申请。

五、寻求专业帮助

在整个过程中，如果你感到自己无法单独应对公司的行政诉讼，或者对法律程序不熟悉，你可以考虑寻求专业律师的帮助。律师可以为你提供法律咨询、代理诉讼等服务，帮助你更好地维护自己的合法权益。

总之，当公司提起行政诉讼要求撤销工伤认定时，作为员工，你应积极准备证据、深入研究法律规定、积极参与诉讼、遵循法院判决，并在必要时寻求专业帮助。通过这些措施，你可以更好地维护自己的合法权益。