针对您提出的“非诉行政审查中法院已裁准予执行，被执行人自觉履行，申请人撤回申请如何处理”的问题，以下是我的详细解答：
在非诉行政审查过程中，若法院已经裁定准予执行，但随后被执行人自觉履行了相关义务，此时若申请人选择撤回申请，这一行为通常被视为申请人对自己权利的一种合法处分。只要撤回申请的理由合法，且不损害国家、他人的利益，法院一般会作出准予撤回申请的裁定。
法院处理流程：
裁定准予撤回：法院在收到申请人的撤回申请后，会进行审查。若审查通过，法院将作出裁定，准予申请人撤回申请执行。这一裁定意味着当前的执行程序暂时告一段落。
停止执行措施：裁定准予撤回后，法院会立即停止那些正在进行中的执行措施。例如，原本对被执行人财产所采取的查封、扣押、冻结等措施会停止，原本计划进行的拍卖等执行行为也会终止。
归档保管卷宗：与此同时，法院会把与该案件相关的所有卷宗材料进行归档保管。这是为了妥善保存案件的“历史记录”，以备后续需要时查阅。
注意事项：
再次申请执行的可能性：如果之后申请人发现了新的财产线索，或者有其他合理的原因需要再次申请执行，只要还在法定的申请执行时效期间内，申请人就可以再次向法院提出执行申请。法院会重新对案件进行审查，一旦符合条件，就会再次启动执行程序。
法律后果的承担：申请人撤回申请执行后，应自行承担由此产生的法律后果。例如，如果因撤回申请而导致被执行人转移或隐匿财产，申请人可能面临无法再次执行的风险。
建议：
在决定撤回申请执行前，申请人应充分评估撤回申请的利弊，确保自己的权益不会受到不当损害。
如果申请人对撤回申请的法律后果存在疑虑，可以咨询专业律师或法律机构，以获取更全面的法律建议。
综上所述，当非诉行政审查中法院已裁准予执行，但被执行人自觉履行后申请人选择撤回申请时，法院会作出准予撤回的裁定，并停止相关执行措施，同时归档保管卷宗。申请人应了解再次申请执行的可能性及法律后果，并在必要时寻求专业法律建议。